基因排斥问题彻底失败，Alexander也变成了一个可怕的生物，被关押在基地下面的牢房中。至此，Alexander终于咽下了自己所开创的苦果。兄妹俩封锁了父亲被他们作为试验品的真相，而对外声称父亲“离奇失踪”。Alfred成为了家族的新领袖。
虽然实验结果不尽人意，这次试验却让Alexia了解到了病毒的特性并看到了成功的可能——如果细胞于病毒的融合速度变慢，人体共融在一个所能承受的范围内缓慢进行的话，那么身体排斥的问题就可以解决，试验也就可以成功了。
于是，Alexia迫不及待的将T-Veronica病毒注射到了自己的身上，并通过冷藏冬眠的方式抑制病毒的急速扩张，使自己的身体细胞和病毒缓慢的融合。这个过程需要15年的时间。如果融合的结果如同Alexia所预料的那样的话，Alexia将会成为真正的T-Veronica女皇，而她散播的病毒将使所有人类变成自己的仆人。在此期间，Alfred以感染病毒死亡为由，对外宣称Alexia已经离世，这样Umbrella的高层就会忽略T-Veronica的研究，Alexia的计划也就没有了后顾之忧。但是Alfred自己却被降级为地方司令官。
复活—女王的诞生
异化后的阿莱克西亚
1998年，Umbrella公司在各个国家的研究机构因为Raccoon City的事件而纷纷被关闭，只剩下了Rcokford等少数的研究机构仍然悄悄地运行。然而，这些研究机构虽然没有被官方发觉，却被其他想涉足始祖病毒生物兵器市场的其他公司所觊觎。H.C.F.和Tricell就是其中之一。
在Umbrella公司的前研究员，同时也是生化危机系列的大反派-Albert Wesker的带领下，Rockford的研究机构遭到了毁灭性的打击，而Rockford监狱的重要犯人Claire Redfield也越狱而出，这令基地司令Alfred感到非常的气愤。随之，其人格中的不健全因素也开始影响着他的行为，Alfred开始变得焦虑、偏执，并显示出不顾一切的破坏欲望。在被主角二人一次次的击败之后，摔下悬崖身受重伤而垂死的他不得不在Alexia的觉醒时间到来之前，利用声控强制催醒Alexia。Alexia过早的苏醒了（Alexia冬眠于1983年12月31日，而Alexia醒来于1998年的12月
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