除了配方难得之外，药剂学最难的地方有三点：第一是对药草的处理。举个简单的例子，为了尽可能的精简，很多用到凝神花的药剂配方中都会这样描述原料：凝神花汁XX克。
这其中就大有学问，凝神花汁顾名思义是凝神花的汁液，但是如何将一株凝神花的汁液用正确的方法取出，就会难道一大批药剂师，因为不同的药剂配方中所需要的凝神花汁需要用不同的方法取出。
比如醒脑药剂中用到的凝神花汁就需要用秘银打制的小刀，将凝神花切成碎末，然后用刀背去碾，这样得到凝神花汁才适用于醒脑药剂。
又比如镇定药剂中同样也需要用到凝神花汁，但却不能用上一种方法，否则会使镇定药剂的药效过猛而使人陷入长眠中。这个配方中凝神花汁的正确提取方式是将凝神花放在纯净的水中，然后使用特制的器皿蒸馏得到。
而这些是不会记载到药剂配方上的，所以一个药剂师得到药剂配方仅仅是第一步，要想通过药剂配方将这种药剂配制出来，还有很长的路要走。
第二个难点是加入药草的时间。艾利亚特大陆上所有的药剂配方都不是用单一药草就能配制的，最简单的一级配方，至少都会用到五种以上的药草。这些药草当然不是一股脑的放入坩埚中就可以，先放什么、后放什么、什么时候加入新的原料都极有讲究。
放入原料的时间几乎需要精确到毫秒，有任何一点差错，轻则降低最终成品的效果，重则会导致配制失败，甚至有可能引起爆炸而危及生命。
第三个难点则是火候的掌控。毫不夸张的说，药剂师对火候掌控的要求甚至犹在锻造师之上，毕竟锻造师如果火候掌握不到家，还有补救的余地，但对药剂师来说，稍有不慎，珍贵的药草就会被高温化为灰烬。
艾利亚特大陆市场上的药剂至今仍价格高昂，原因就在于此，很多药剂师都曾因火候掌握不好而糟.蹋珍贵药草的惨痛经历，所以当一瓶药剂配制完成之后，其中的价值并不仅仅是配制药剂本身的材料价值，还要附加价格高昂的“损耗”。
这也是在卓格大师之前，药剂师被普遍认为是魔法师的一个分支的重要原因，当时的人们都相信，魔法师甚至只有火系魔法师，才能完美的驾驭配制药剂的火候。
正是有这三个难点存在，即使后来卓格大师为普通人成为药剂师开辟了一条崭新的道路，但药剂师在整个大陆仍然是凤毛麟角，想要成为一个药剂师实在是太难了，以至于到了现在，绝大部分药剂师都必须
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