明太祖建国之时，由于看中了南京地区的繁荣和江南是自己的龙兴之地，所以首先定都南京，但是苦于定都金陵的王朝往往短命，所以他就让太子朱标与国师刘伯温多次出巡，寻找新的都城。后来由于各种原因，南京在朱元璋在位的几十年时间里，一直都是作为首都存在。
明成祖靠靖难之役打天下，抢了自家亲侄子的政权后，在南京大肆屠杀忠于朱允炆的臣子。所以继位不久后，朱棣害怕被刺杀，终日战战兢兢，就以维护边疆地区稳定为由，把都城迁到了北京。自此，明朝的都城由南京转移到了北京，而明朝也开创了天子守边疆的先例！
可是，虽然朱棣把首都迁到了北京，但是南京依然作为陪都存在，还有三省六部等正常的政府办公机构，因为那里是明朝的起家龙兴之地，又是明朝的财富重地，还是中国税收的主要地区，出于政权的长远发展打算，朱棣还是把陪都放在了南京，无非就是多开一些工资，多养一些官员而已，和偌大的江山比起来，实在是微不足道！
因此，南京和北京一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在为顺天府，南京所在为应天府，合称二京府。南京这套行政班子虽然也有三省六部等一整套办公机构，但多半是些闲职，安排一些闲散人员或政治上失势的人任职南京六部或其他的南京中央机构。这部分人的品位与北京的官员是一样的，待遇也是一样的，但是没有什么实际的执掌，时人戏称这些发配南京的官员为遛鸟尚书，浇花御史。
但是，在南京这些行政机构中，有三个位置却是实权在握的重要岗位。一个是南京户部，明朝差不多半壁江山的税收，以及全国盐引得颁发，关乎帝国命脉的漕运事务，还有全国户口档案管理都在南京户部。另一个就是南京兵部，负责整个南直隶地区的军务，由于明朝中后期海患愈发严重，海盗、倭寇不断袭扰江浙百姓，因此南京兵部的权力也日渐厚重。
最后一个，便是这南京守备，南京作为明朝在南方的军事政治中心，守备的权势极大，掌南京中军都督府事，通行节制南京诸卫所，是南京六部九卿的实际掌控者。因此，历任南京守备皆以皇室信任的功臣后人及勋贵担任，现任的南京守备徐鹏举，正乃大明朝开国第一功臣徐达的后人，世袭第七世魏国公爵位。
西厂番子在魏国公徐鹏举的驰援下士气大振，与禁军联合将这些日本武士杀的节节败退，吉朗大名在与魏国公交手数十个回合后也发觉自己远不是对
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