三月十六日，漕船刚刚出发，淮安火器局在一片喧嚣声中默默挂牌成立了。
火器局归属兵器局直接管辖。
管辖兵器局的上级部门挺多的，按照规矩来说，兵部是直接管辖兵器局的，兵器局所辖人员，绝大部分都是匠户，军户和匠户的户籍，悉数都是兵部直接管辖，故而兵器局也直接归兵部管辖，但南京的情况有所不同，兵部尚书因为参赞机务，掌握了实际权力，需要管辖全面的事宜，包括了军事、行政、后勤保障等等诸多的事宜，从嘉靖年间来说，兵器局就归户部尚书直接统管，当时的原因是倭寇肆掠，南京兵器局承担繁重的火器研制事宜，需要大量的钱粮，户部尚书直接统管，便于钱粮上面的调度。
作为兵部尚书或者是户部尚书，直接管理具体事情的时间是很少的，毕竟下面有一大帮的官吏，具体事情都是下面的官吏去做，嘉靖之后，南京兵器局依旧是户部尚书直接管辖，可兵部因为主官匠户的原因，故而兵部同样可以插手兵器局的事宜，这就导致兵器局有了户部和兵部同时管辖。
多年以来，因为兵器局缺乏银两，无法研制和制造火器和其他作战需要的冷兵器，渐渐的不为人所重视，兵部和户部悉数都不过问兵器局的事宜，礼部右侍郎毕懋康利用兵器局的器械，研制燧发枪，都是依靠个人的官职和影响，找到兵部尚书和户部尚书，讨要到一定的银两之后，才能够研制。
郑勋睿派遣郑家军将士，将兵器局中火器局的所有器械都搬走了，心有不甘的刘宗周，还是提出了要求，火器局必须服从兵部和户部的管辖，服从兵器局的管辖，这次不过是将火器局搬迁到淮安去。但隶属关系是不会变化的，也就是说兵部和户部可以直接插手火器局的任何事宜，兵器局更是可以直接干涉火器局的事宜。
郑勋睿当然不会理睬刘宗周的要求，开什么玩笑。火器局搬迁到淮安来了，一切的开销都是漕运总督府负责，南京的兵部和户部不出钱不出力，凭什么插手火器局的事宜。
更加关键的是，郑勋睿对火器局是寄予厚望的。此后的一段时间，他的主要精力将投入到火器局，研制新型的火器，他脑海中的很多先进的理念，就在火器研制的过程之中，发挥出来重大的甚至是决定性的作用，如此情况之下，南京兵部和户部想着插手火器局的事宜，岂不是笑话了。
兵器局最为关键的是需要保密，不管是京城的兵器局。还是南京的兵器局，哪怕处于停滞的状态，其内部所有的器械和图纸等等，都是绝密，不能够泄漏
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