初一抵达京都，三日之后便病逝了，还未来得及去见乾隆皇帝。
其临死前曾自作挽联“魂返九原满腔经纶埋地下；书传四海万年利济在人间。”，可谓是忠义两全，死而后已。乾隆皇帝为勉其忠义，特赏白金一百两，授儒林郎，谕其子徐曦护丧回乡。
徐灵胎也是一个极具才华之人，除了医学上的造诣之外，其他方面亦颇有建树，他的生平好友，清代大诗人袁枚曾这样描述他：“先生有异秉，聪强过人。凡星经、地志、九宫、音律，以至舞刀夺槊，勾卒、嬴越之法，靡不宣究，而尤长于医术”。
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