剿灭了伪帝朱由榔和孙可望等反朝廷势力，在孟休城，新任缅莽白以最隆重的仪式接见了朱由崧，并排摆酒宴，载歌载舞，在那里朱由崧美美地享受了一番域外风情.数日之后，朱由崧带着数万大队别了莽白，搬师还国，缅王又亲备礼品相送.
朱由崧表示感谢，然而他的大军刚到云南，就接到了广东来的奏折，这奏折是李自成写来的.
朱由崧折展开一看，不由得拍案而起:”好狡猾的郑芝龙，朕这次非端了你的老巢穴!”
文武众将还不知道是怎么回事，朱由崧把奏折之事向众将说了一遍，众将这才清楚，原来是明军在广东战事不利.郑家叔侄上了郑芝龙的当，被囚于金门岛，李自成没有水师，请旨定夺.
郑鸿逵和郑成功叔侄带着一支人马，讨伐唐王朱聿键，朱聿键主要是得到了大海盗郑芝龙的支持，占据福建和大半个广东，与朝廷对抗，当时由于朱由崧要亲征讨伐李自成和张献忠，才传旨让郑家叔侄为征南大元师和副元帅平定叛乱.把原来的操江水师刘文如派给他们叔侄当副将.
这一仗打了两年多，双方各有胜负.数日之前，朱由崧平定了西南的匪乱，郑鸿逵和郑成功这路人马也打了胜仗，朱由崧坐镇广西时，为了加速唐王的灭亡，派出李自成带兵十万配合郑鸿逵，从侧翼攻击唐王的人马.
李自成实力强大，统兵有方，攻必取，战必克，很快把拿下了整个广东，把唐王和郑芝龙的郑家军赶到了福建.
因李自成连打胜仗，郑鸿逵和郑成功的仗也好打了，在福建北部也是节节胜利，唐王这兵马根本抵不住明军这两路大军的进攻，以郑芝龙为首的郑家军两面受敌，节节败退，一下子被逼到了福建南部沿海一带.
从最强盛的两个省，地盘现在只剩下了漳州，泉州，福州等几地，人马从十几万，现在只剩下不足五万人.面对明军咄咄逼人之势，唐王朱聿键一筹莫展.和太子太保兵部尚书郑芝龙\内阁首黄宗羲等所谓一帮文武臣僚商议对策.
郑芝龙现在也没了脾气，被亲兄弟和亲儿子打得没脾气，主张退往海岛，仗凭他的海上实力与明军周旋.
黄宗羲摇了摇头，现在朱由崧的实力越来越强大，李自成和张献忠都归顺了大明，一个强大的大明帝王呼之欲出了，他建议向东联系鲁王朱以海，另一方面要开辟新的根据地，进驻台湾.如果能占领了台湾，他们就可以凭海上的优势高枕无忧了.海岛靠近大陆，根本避不了多大风浪.
朱聿键也想占领
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