进入它发展的另一阶段。龙虎山也达到了鼎盛时期，建有道观80余座，道院36座，道宫数个。
但是那只是短暂的辉煌，因为全真教兴起，彻底打破了天师道与皇家的关系。为什么呢？原因很简单，因为皇室的喜好和政治统治的需要。
元朝前期，全真教龙门派祖师丘处机真人以74岁的高龄，自山东昆嵛山西游35000里，在中亚机遇“一代天骄”成吉思汗，成就了“一言止杀”的历史性创举与汉蒙佳话，获得成吉思汗崇奉而呼之为“神仙”，拜之为国师，掌管天下道教乃至所有宗教事务，为全真道乃至整个道教的大发展奠定了坚实基础。经过尹志平、李志长相继掌教，全真道进入鼎盛期，道门兴旺，宫观遍地。
【历史人物最悲哀的，恐怕就是道家的尹志平了，一代宗师啊，就因为金庸的一本小说，背上了千古的骂名。】
而全真教提出了“三教合一”的口号，无论是佛教的，还是道教的，当然还有儒家的，只要是有用的，统统包容，规定以三教之经书《道德经》、《孝经》、《般若心经》平等。这样更加符合统治阶级的统治，哪怕在明朝抑制佛教道教的时代，几乎所有的佛教和道教门派都没落了，只有全真教不止没有没落还得到了前所未有的发展，元末超过雄霸一时的“正一教”，成为中国佛教的统领，此后全真教分出无数的分支，不断产生全真教新的门派，以全真教武当派为例子，成立于明朝末期，得到了明朝永乐皇帝为代表的大加推崇，才被国人广为知晓，其实，声名显赫的武当派都没有玉米在中国的时间长。
因为和皇家的关系出现问题，清朝的皇帝又以密宗为主要宗教信仰，龙虎宗天师道褪去了“正一道”的华丽光环，如果继续说自己是“天下唯一正道”，估计自己都不信，所以更多的称呼自己“天师道”，因为文化传统，龙虎宗天师道依然努力和政府恢复着关系，自1991年恢复对海外弟子授箓，1995年恢复对内地弟子授箓以来，基本上继承了传统规仪，每次授箓均由中国道教协会主办，龙虎山嗣汉天师府承办，所授箓牒，皆以“万法宗坛”为正宗，不断扩大自己的声势。
不过，无论他们如何努力，现在的道教协会的办公地点是全真龙门派祖庭——北京白云观，从1956年成立道教协会开始，历任的会长都是全真教的人担当，现任会长也是全真教武当派的人。为什么呢？因为在1956年，国家要成立道教协会的时候，是人家全真教23个门派的掌门人聚会于北京西苑饭店，开会商量筹备的，没有一
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