借助K疗法全球推广形成的网络和影响力,大规模样本征集在世界范围内展开。
国内各大医院的肿瘤细胞样本快速送往三博研究所。在格里芬、罗伯特、约翰内森、奥古斯特、曼因斯坦、高桥等人的积极运作下,从安德森癌症中心到欧洲分子生物学实验室,从日本国家癌症中心到澳大利亚的偏远研究所,贴着特殊生物危险标识和加密条码的低温运输箱,如同朝圣般由国外汇聚到三博研究所。
它们带来了胶质母细胞瘤的侵袭前沿组织、三阴性乳腺癌的循环肿瘤细胞团、食管鳞癌的转移淋巴结、甲状腺未分化癌的罕见活检标本、甚至包括一些连原单位都难以分类的疑难肿瘤样本。每一份样本都附带尽可能详尽的临床病理信息和初步分子分型数据。
杨平站在实验室,宋子墨站在一旁,汇报着最新进展。
“截止今早八点,已入库并完成初级质控的实体瘤样本达到4876例,覆盖了世界卫生组织分类中92%的实体瘤主要类型和超过300种罕见亚型。高通量表面蛋白组学分析平台已全速运转,第一批1200例样本的初步抗原谱已经生成。陆小路那边,冷冻电镜的排期已经排到了六个月后,他们正在优化自动化制样和预筛选流程,处理通量提升了三倍。”
杨平微微点头:“样本不是数字,是钥匙孔。每一个独特的肿瘤都在用它的表面分子组合向我们展示TIM超家族在这个个体、这种环境下的具体表达形态。我们要找的不是共性,是共性的语法。”
随着样本的增多,杨平也忙碌起来,他整天几乎泡在实验室,很晚才回家。
白天,他穿梭于各个平台之间,与陆小路讨论某个肉瘤样本表面异常TIM结构的低分辨率轮廓,与唐顺争论聚类算法的参数设置,亲自检查表面蛋白荧光标记的数据质量。
夜晚,他则沉浸在办公室,里面的智能屏幕上面流动着数以万计的蛋白质结构预测图、相互作用网络和演化树模型。
蒋季同偶尔会被叫进去帮忙整理数据或操作可视化软件。他震惊于杨平大脑处理多维度信息的能力。杨平可以同时观看十几个肿瘤类型的TIM候选结构比对,指出某个环区转角角度的系统性差异可能与胚胎起源层相关;能在纷乱的基因共表达网络中,瞬间识别出某个非编码RNA可能调控着一组TIM成员的表达;甚至能从临床预后数据里,反推出某种TIM构象变体可能赋予癌细胞对缺氧微环境的特殊耐受性。
超过80%的实体瘤样本都检测到了
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