存，与此同时，“黑灵”文明的科技水平在这四十亿年间慢慢积累下来，科技水平达到了一个前所未有的高度，为了寻求自身对环境的更好的适应性，“黑灵”文明开始进行改变自身基因的研究，最终在古生代的二叠纪中期，“黑灵”文明通过长时间的努力，完成了整个关于全体“黑灵”生命的基因改造。
在长期的研究之中，“黑灵”发现了自身体形方面的巨大缺陷，通过对地球上同时期以及此前不同时期的所有的生命形体以及生存能力进行比较，最终得出结论，“黑灵”受本身形体的限制，导致了各项生存机能的脆弱，使得无法更好地对抗自然环境灾害。
在这个时期，庞大的爬行动物开始从海洋中中进化到了陆地，“黑灵”注意到了这些爬行动物在生存方面所拥有的强大能力，认为这才是最适合地球生存环境的生命形态。
于是，在最终的研究方向确定并达成预期结果之后，“黑灵”舍弃了原本的身体外壳，以更脆弱的黑色气态物质在环境中显露。但这使得“黑灵”拥有了复制其他生命外部生命体的能力，只要在基因锁上不发生冲突，那么“黑灵”本身就能实现对被复制体的取代。
它们将目光投向了早期的爬行动物，由于爬行动物只具有极为低下的智力水平，并没有完全的自主意识，因此“黑灵”能够很轻易地控制生存在地球上的大部分爬行生命。
爬行动物的存在很快被完全取代，地球上出现了形形色色的拥有着庞大身形的高智慧生命，在随后的数千万年中，“黑灵”享受到了巨大身形给他们带来的强盛的生命力，文明的发展到了一个高潮阶段，期间，“黑灵”完成了对海洋，陆地，与天空的全面探索，除了因自身因素研究领域不涉及太空层次，在其他的方面均达到了一个峰值，“黑灵”能够通过文明的强大科学技术去摸索地球上的任何一个领域。
“黑灵”的统治者们为了显耀文明的强大，花费巨大的资源材料，在当时的古太平洋东海域，也就是人类大厦时代F层的马里亚纳群岛附近海域，炸出了一个深达三万多米的巨大深渊，在深渊之中，建造了一处可供众多“黑灵”生存居住的巨大的城市建筑，城市的规模之大，建筑之豪华，所倾注力量之雄厚，在“黑灵”文明的历史上均属首例，显示出自身的不可一世。
它们认为自己的文明已经到达了一个完美的阶段。
但中生代末期爆发的一场大灾难改变了它们的看法。这场灾难，在人类学术界有一个专有名词，中生代末期生物大灭绝。
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