从命令，我就武力镇压他，人家都说我孙文是车大炮（粤语中讲大话的意思）但是这次的大炮更加厉害，不是用实心弹，而是用开花弹，或者是八英寸口径的大炮的毒气弹，（不知道巴沙尔会有什么什么感想……），这不难于三个小时把他六十余营陈家军变为泥粉。但残害六十余营的军人且惊动全城的居民，不免过于暴烈，但我不如此去做，他们终究不会罢休。我只望报界诸君，主持正义，十日之内，做足功夫，对于陈家军加以纠正，陈家军若是态度有变，即天下苍生之福，万无一效，就不能执行我海陆军大元帅的职权，制裁他们了。”
六月十五号深夜，粤军高级将领在郑仙词召开紧急军事会议，决定发动兵变，驱逐孙中山下台。在这种情况危急的关头，陈炯明在惠州派秘书陈猛荪持亲笔信劝阻叶举……信中大意说道村中山出兵北伐如果能胜固然是好，如其失败，我以陆军部长的身份暂调部队返回东江训练，做充分的准备，到时候仍可以收拾残局。陈猛荪将信送达叶举处，叶举阅后，当着陈猛荪的面将陈炯明的信扔到了地上，大声骂道，陈炯明不懂军事，是扶不上墙的阿斗，还说回东江哪里去找吃的？便叫陈猛荪回报陈炯明说箭在弦上不得不发，陈猛荪一脸惭惭的回禀陈炯明，听完陈猛荪的叙述，陈炯明怒不可遏的将茶盅打碎了。
此时叛乱已经是不可逆转的事了。六月十六日凌晨，粤军攻陷总统府，孙中山在卫队的护送下登上了军舰，海军宣布和叛军开战，就算是如此，叶举等人还是没有打算要至孙中山于死地的想法，因此叛变，就与谋杀出现了差别。他们只想将孙中山赶出广东，所以他们在炮轰总统府之前就让人打电话通知了孙中山。这一幕到是有些好笑，明摆着要向你动手，还打个电话先问候一番，然后说我要打你，你赶紧走吧，我给你留了条路。当然这是蔡元培所要求他们这样做的。
孙中山被迫登上永丰舰后，外交总长伍廷芳前来谒见。孙中山用颇为无奈的表情告诉伍廷芳让他尽快把广州的叛乱情形设法转告北伐诸军，速回广州平叛。并将此事通报各国使馆，以争取国际社会的声援。然而伍廷芳八十岁的高龄在如此重任下，重病而逝。
永丰舰在东江的江面上与陈炯明交恶一番却不能挽回已经叛变的决心。无奈之下，永丰舰只好移师上海。当孙中山抵达上海后，正直暴风雨袭击上海，但是仍有两千多名群众冒雨来迎接他。次日，孙中山在上海发表了粤变始末和统一民主宣言，将陈的罪行向全国通报，陈炯明的叛变，是孙中山一生中遭受的最惨痛的失败。
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