至此约翰等于迅速掌握了未来讨伐布雷努斯夫妇的证据和名义，但他没有着急去做此事，而是隐忍下来，毕竟——现在约翰手头能动员的人马连一万都没有。故而下面这位“行政大首长”更加雷厉风行地掌控了皇都的行政部门，火速拔擢了许多在帖萨利.莫利亚时代就追随他的元老和新贵们，接替了伯里尔等人被捕后的空缺职务，开始真正运作起这个飘零的“帝国”来。
施政方面，约翰干脆撤销了名存实亡的军区制度，统一将编制和力量集中起来，将他所能掌握的土地统一分为两个“大区”即“西方大区”、“东方大区”，每个大区的首长都是“大公爵”，前者职务他遥授给了叔父伊萨克.科穆宁，统辖范围为帖撒罗尼迦、帖萨利、莫利亚和伊庇鲁斯地区；后者职务他则暗中许给了对他最为忠诚的将军泰提修斯，统辖地为普鲁萨、加利波利和多利拉爱姆地区；至于“海军大伯爵”和“劳迪西亚大伯爵”他依旧为阿萨西都斯和雷蒙德两位保留，来邀买人心。另外，约翰又将阿克塞颇考斯任命为自己“帝国秘书”总揆政务，这本是个希拉克略王朝时代的职务，类似于御墨官，但因父亲暂时生死不明而前御墨官麦莱斯在战场上英勇阵亡，故而约翰为了避嫌，便恢复了个古代官职授予自己的突厥奴仆。
对于新设的这两个大区，皇子的方针是“战备一体”，而皇都和帝国所有资源都要无偿地提供给这两个大区。但虽然“战备一体”口号喊得响，私下皇子已经派遣许多他信得过的使节和修士，和博希蒙德、高文与西奥多罗进行接触，摸索停战和谈的道路。
数日后，皇太后达拉赛娜和大牧首马斯达斯有些气愤地找到约翰，斥责他非但没有追索泰提修斯在菲罗梅隆临战脱逃的罪责，反倒将其提拔为“大公爵”。
面对这样的指责，约翰当即表示接受，“马上即派遣钦官前往普鲁萨城，撤销泰提修斯所有军职，将其拘禁回地牢审讯定罪”。
但这完全是虚以委蛇的手段，泰提修斯先前始终呆在皇都一带为约翰出谋划策，现在他又混在“钦官队伍”里渡海前往普鲁萨“法办自己”去了。进入军营后，泰提修斯便对外声称“自己被拘捕”，实则躲在幕后指挥梅里塞洛斯及全部新军，隐蔽如蛇般地朝尼西亚城小鸟的营地逼去......
同时在皇都内，皇太后和大牧首的第二个请求是：不可以再侮辱拷打帝国宰辅伯里尔，并将所有被捕入地牢的官员释放回家。
约翰也爽快答应了，但是废除了这群人的所有荣誉和头衔，并且要求
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