等是二级、三级机构标识旗。
按照联盟的机构设置，剔除了必须的主旗外，这剩下来的旗帜名额该给五大总署，不过几位核心分子经过商议后，决定先给战斗旗队设旗，因为纯战斗部队外出比较频繁，没个战旗说不过去，联盟脸面无光彩。
神农联盟共有五大旗队，正好五个型号配一个旗队，如武当旗队，就用了其中一个名额。联盟未正式建立前，按照某人的提议，武当称为集团军，下属三个师，每个师都有自己的战旗。
但联盟建立后，会阴、摩天、武当三集团军撤销，各属人员并入各机构，如此那些玩家制造的旗帜就无用了。武当三个师的土造战旗被各自的指挥官收藏，当作纪念品存入了自己的库藏。
对于那三个家伙没了自己的特属战旗，方大首席觉得还是很高兴的，因为这三个师完全是私人势力，不受他这个武当最高领袖指挥，而大首席的直属部队——三**队的战旗，由于当初联队长九头鸟设计观念有误，被方大首席否决了。
直到神农联盟建立，三**队的战旗也没捣鼓出来，在这方面，武当其余的三大巨头就把大首席给压了。如今全部撤销，自是大首席所乐意见到的，武当旗队现在已经配上他所设计的骷髅旗，领袖权威终于确立了。
二等战旗，可以有三面之多。旗队的正旗队长，副旗队长都可以招出来，并且如果组织等阶不足，没到可以建立下级机构指挥建筑时，这些二等的战旗可以在驻地里招出来，插于任何地点。
在桥山的这里，神农联盟有五面战旗，一面是离朱盟旗，四面是旗队战旗，各是领袖旗队、红星旗队、骷髅旗队的旗帜。这四面旗帜，都无须玩家执拿，有特定的NPC充当棋手。
领袖旗队、红星旗队各只有一面，而武当旗队却拥有两面，这是因为其他两个旗队没有设置副旗队长，而武当旗队却有一个特殊人物，原是三水区总管的九头鸟，因为他身份的问题，方大首席特别弄了个位置给他。
棋手的实力相当于组织第一高手的两倍，这是系统自行评测的。棋手没有旗帜的完全免疫属性，它也会伤血，并且挂掉。一旦挂掉，那核心分子若没有即使收回，这旗帜可能就会被夺了。
按照系统设定，主旗被夺，对于组织没什么实质伤害，除了少招出一面外，没什么具体损失，可在士气方面那就会大受打击，组织形象大受损害。前几天，有两个组织进行局部战争，一方被夺了七面战旗。
战胜的一方洋洋得意，在论坛显示了夺来的
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