而在这场大祸当中，临海君李珒被倭寇俘虏，相应地也失去了继承王位的机会，而好不容易赶走了倭寇之后，原本以为自己能够安稳继承王位的李珲，突然多了一个弟弟永昌大君李?，李?虽然年纪小了他很多岁，但是他是王后所生的嫡子，在注重宗法继承的高丽，天生就极受重视。
于是内斗继续，暂时取得了政治斗争胜利的北派分为了支持光海君李珲的大北派和支持永昌大君李?的小北派，宣祖在离世的时候，选择不立幼弱的嫡子，而让光海君李珲继位，但是遗命小北派的领袖柳永庆等大臣保护永昌大君李?不受迫害。
然而，已经登上了王位的李珲，当然不会让自己的那些兄弟们再威胁到自己的王位了，他在继位，的第一年就杀死了柳永庆等等小北派的大臣，然后第二年就杀死了自己的哥哥临海君李珒，在数年之后更是将年仅八岁的幼弟永昌大君李?残酷地蒸杀，
伴随着李珲的残酷清洗，拥护李珲的大北派就获得了政治上的胜利，在李珲承继王位的过程当中发挥了极大作用。
然而，拥护他的大北派文臣们理所当然地继续发扬了先辈们的光荣传统，内斗不断。这次他们更加推陈出新，一次分成了三派：骨北、肉北、中北。在不逊于先辈的残酷搏杀当中，一大批朝臣被处死或者流放，以李尔瞻和郑仁弘为首的肉北派获得了最终的胜利。
而在此期间，为了感谢这些朝臣们历次磨难当中帮助自己的功绩，李珲册封了四批功臣，卫圣功臣（帮助光海君登位的大臣）、翼社功臣（铲除临海君的大臣）、定运功臣（铲除柳永庆的大臣）、亨难功臣（铲除金直哉的大臣）。而郑仁弘被册封为瑞宁府院君，并升为左议政，可谓是位极人臣。
然而，好景不长，李珲的这种杀戮自己兄弟、监禁后母的举动遭到了信奉伦理的民间和下层官僚儒生的一致声讨，而在朝臣们的自行残杀当中，肉北派的暴政也丧尽人心。
与此同时，在北方女真部落的首领努尔哈统一了女真，也严重威胁到了朝鲜王国的安全。当时秉政的李珲为了整顿国力，实行“两端政策”，也就是骑墙中立，既不得罪明朝也不得罪后金的政策。
然而，在当年曾经参加援朝抗日、多少对高丽有恩的大明经略杨镐的强烈要求下，万历末年，李珲派出了军队与明朝军队结为联军共同征讨后金，发动了“萨尔浒之战”。
在这一战役中，众所周知联军惨败，被努尔哈赤的后金大军打得一败涂地，而光海君和大北派在事前就
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