他毕竟是打下天下的人，对幕府拥有实际控制能力，于是处于尴尬境地的秀忠夫妇只好让此事作罢。
不过，虽然碍于家康的命令不得不把竹千代当成继承人，但是秀忠夫妇仍旧更加偏爱国千代一些，而国千代在幼年时，常听祖父家康、父亲秀忠说竹千代是主公而自己以后只能是做他的家臣，又曾被家光几次羞辱，因此也对家光开始有些怨恨。
他自认才智、容貌强过兄长家光，因此哪怕明知对方将要继承将军大位成为自己的主公，也不改轻视家光的态度，两兄弟之间的矛盾也由此越积越深，变得形同陌路。
元和六年，德川秀忠仿照父亲的先例，将将军大位让给了竹千代自己成为大御所，而竹千代也正式选用了家光作为自己的名讳，成为了幕府的第三代将军。因为自幼就憎恨弟弟忠长，所以他将打压这个弟弟也当成了自己重要的事务来办。
本来在秀忠在位的时候，他还算是得到了优待，按照德川家的惯例他领受了封地成为幕府的亲藩。他被封于骏河国，经过几次加封最后领有五十五万石的领地，官位至大纳言，也算是亲藩当中的佼佼者。
可是家光开始掌权之后，对他的打击和迫害就纷至沓来了，家光借口幕府在骏河国的眼线报告了忠长的种种不法劣迹，指责忠长迫害领地内的人民，并且不听家臣的劝谏。用这一系列的罪名，他将德川忠长的领地没收，然后流放到了甲府，勒令他闭门思过。
更有甚者，在父亲德川秀忠去世的时候，他还禁止德川忠长去为父亲奔丧，只能继续呆在软禁地。就这样，德川忠长失去了一切领地和尊荣，就连见挚爱的父亲最后一面都不被允许。
这种莫大的羞辱，更加让德川忠长对自己的这个哥哥充满了忿恨之情，可是德川家光现在已经稳固了统治，父亲死后又没有人能够为自己而向他求情，他也只能无可奈何地接受现实。
可是，哥哥家光的怒气，似乎还是没有发泄干净。在秀忠死后没有多久，家光就借口弟弟忠长在闭门思过期间还是没有幡然醒悟，依旧劣迹不断，于是下令将他再度流放到条件更加恶劣的上野国高崎城，将他禁闭在这里。
而这也不是他迫害的终点。
德川忠长被流放到高崎城之后不久，家光就将自己从小身边服侍的亲信、现任幕府老中的稻叶正胜给指派了过来，负责处置德川忠长一事。
而自从老中稻叶正胜来到了高崎城之后，城外原本就十分严密的监视变得愈发紧密，他下令用白竹栅栏把整个高崎城都
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