战一役，所有大臣都领略了朱由检的军事指挥水平，他们自己则对军事一窍不通，想反对也不知道该说什么。
议完军事，就轮到第二件大事，也就是善后。此次清军入关，攻破焚毁府县数十座，上百万百姓被迫撤退，流离失所。现在清军退走了，如何让难民返乡、如何赈济百姓，乃至重建家园，自然变成了非常紧迫的大问题。
朱由检首先表态：这次放弃府县、撤退百姓的决策是朝廷做出的，更准确一点说是自己做出的，所以朝廷和自己对此事责无旁贷，必须赔偿老百姓的一切损失。
在具体安排上，首先，安排百姓在官军的保护下，有秩序地返回各自的家乡。像永平等地，现在尚未收复，从那撤出来的百姓，朝廷要继续负责食宿，直到局势彻底平定。
第二，返乡的所有花销由户部银库和内帑银对半分担；对老百姓家中损失的一切财物，要由当地官员和户部专员联合检视登记，日后一一补偿；因战乱而死亡的，每人抚恤银五十两，全从内帑银出。
第三，要组织百姓抓紧秋收。虽然庄稼让鞑子毁了不少，但还剩下很多，能收多少收多少，多收一点，老百姓的日子就好过一点。收获完毕后，百姓可以自行播种，也可以免费领取朝廷提供的种子，这些种子全由朱由检的皇庄提供。从现在开始，遭受兵灾的府县，所有赋役全免三年。
第四，也是一件急需解决的事，那就是清军在多地纵火焚城、焚村，大量的房屋被毁，老百姓没有住的地方。
朱由检的对策是，现在通惠河已经竣工，京师扩建工程也不再是十万火急了，可以只留下蒙古俘虏继续筑城，其余十万名工匠几人或几十人一组，和难民一起返乡，要确保每个村子都有工匠。
这些工匠的工作只有一个，就是帮助老百姓盖房子。如果工程量小，就完全由工匠动手；如果工程量较大，则以工匠为骨干，雇佣当地百姓一起干。这其中产生的一切费用，由户部和内帑对半分担，朱由检责成工部尚书徐光启专门负责此事。
而遵化、蓟州以及喜峰口等关隘的重建，则由官军负责。这几乎就是新建了，兵部要先拿出设计方案，具体施工则由京师三大营淘汰下来、但还在军籍的几万人去做。
听完朱由检的计划，几乎所有大臣都皱紧了眉头。这次东林系大臣还没说话，户部尚书王在晋首先迟疑着道：“陛下，难民数量至少在百万以上，按照陛下方才所说，就算一人花费十两银子，也至少需要上千万两银子。户部虽有国债银，但按计划
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