、海师何蛮等人两次前往当时被称为“流求”的台湾，因语言不通，第一次带回一名台湾人，第二次带回一些布甲。大业6年（610年），隋炀帝又派出武贲郎将陈稜及朝请大夫张镇州率兵万余人，从广东义安（潮州）起航，前往台湾，当地人以为这是中原的商船，这说明当时大陆商人经常前往经商，也说明台湾人已经熟悉经商贸易。只是陈稜与当地酋长谈判不顺利，刀枪相向，并带了数千名当地居民返回大陆。
经过三国到隋唐的长时期的演变，闽粤一带向台湾的移民也逐渐增加，到宋代时已经出现较多的往来和经济活动，为便于管理，开始在台澎地区设立管理机构，澎湖已列入福建晋江县版图，这在台湾开发史上是第一次。台澎地区正式纳入宋代版图，尽管在后来的千年中，朝代更迭，皇者变换，但是台湾归属从来没有改变过。
在蒙古人击败宋朝建立元朝之后，按照惯例需要进军没有到达过的疆土，故于至元28年（1291年）10月，派出海船副万户杨祥为宣抚使，与礼部员外郎吴志斗和兵部员外郎阮鉴率兵6000余人进军台湾。由于语言不通和航海知识不足，无功而返。到公元1335年，元朝正式在澎湖设立“巡检司”。巡检司，级别不高，属九品。“职巡逻，专捕获”，捕捉罪犯，兼办盐课，但这是中央政府派驻台澎地区的第一个行政执法机构。自此以后，中央王朝开始派员管理台澎地区。
明朝的海禁政策，导致东南沿海海盗盛行，为保卫沿海地区不受海盗侵扰，明朝朝廷在基隆、淡水二港派驻军队，防止海盗利用台澎地区作为搔扰东南沿海的基地，这是中央政府第一次在岛内驻扎军队，保卫海防。高雄凤山有特产“三宝姜”，就是明代郑和下西洋到达台湾时留下的，这是中原到达台湾的第一支大规模的商队。
1683年，前清政府统一台湾后，在台湾本土内正式设立台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县。台湾府隶属于福建省管辖，后改为2府8县4厅。前清政府对台湾地区已经建立了完整的统治机构、制度，进行有效管理。西方殖民者东侵以来，美国、日本、法国等列强先后在台湾进行军事挑衅，加剧了中国边疆领土危机。在这种情况下，前清政府上层在如何治理台湾的态度和方式开始出现变化，由“防内变为主”改为“防御外侵为主”，清朝督办南洋海防事务的福建船政大臣、后任钦差大臣的沈葆桢、福建巡抚丁日昌等人，把台湾称为“七省藩篱”、“南北洋关键”、“中国第一门户”，一再反复强调台湾地位的重要性。他们还多次上
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