亲军的官兵还要面临各级将领们的克扣，这部分就是违法的，可也最是根深蒂固的，办法还很多。比如在将领在本部队放债，直接扣发军饷还本付息，还有假冒填补军械而扣士兵工资来尽义务，还有各种迎来送往和办公费用摊派到士兵军饷里克扣，这种手法可谓与彼时的大宋如出一辙。
此外还有更奇葩的方法。当兵就要搞军事训练，这是谁都知道的，而这部分钱也是应当由国家支付的。但是军官们却要将日常训练中所耗费的箭矢钱，从士兵的军饷中扣除。在这种制度下，士兵怎么愿意训练？怎么敢训练？多放几箭，半个月饭钱没了。
而对于侍卫亲军的军事训练，作为征战主力，为保证战斗力，初时朝廷自上而下还是十分重视的，专门订立训练制度，勤加训练。除了各部单独训练之外，还要集中操练，参加大汗每年举行的围猎。可随着战事的减少转入屯田，军官们当然希望减少训练，以将更多的时间用于生产，以增加产量。
上面不重视，下边便愈加敷衍，所演阵图，则年年皆循旧式，毫无改进，相沿旧样，平时校阅，虽属可观，临敌打仗，竟无实用。骑射这些看家本领也为图省力，已不奋力训练，在各营演试之时，明知所习非所用，不免视同具文，饰观塞责。
玉昔帖木儿相信不仅自己知道侍卫亲军战斗力严重退化，上面也并非不知。而依然视而不见的‘纵容’其堕落成这幅德行，一方面是训练本身的问题。另一方面还是来自于朝廷对这支军队的定位，在大多数人眼中，蒙古军才是国家的支柱，征战的主力，战无不胜的保证。
侍卫亲军尽管人数众多，也只是扈从军，只能从事屯田，承担护送银饷、押解犯人、解送钱粮、缉捕盗贼、缉查走私、守护、察奸、承催等等差役。而作为异族为主力的部队，在蒙古人内心依然是不放心的，尤其是支战斗力强盛的武装力量，暗中不得不防，甚至作为大汗亲卫的亲军也是禁止带弓上岗的。因而对他们战斗力的减弱，反而是乐见其成。
既然上下皆是如此，侍卫亲军经过十多年的‘调教’，也如他们所愿，当下三十万大军真正进行军事训练，拉出去还能打打仗的，可能十不存一，只能不断零散抽调，短期合营训练。在朝廷财力充裕时，这种野战军的战斗力还能对付一下“治安战”，等到朝廷财力窘迫时，就是一群毫无训练的“叫花子”跌跌撞撞地上战场。
实际上，这种情况已经发生，在失去江南后，元朝的财政状况已经极度恶化，发放给侍卫亲军的补贴日益减少。给付的军饷过
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