归师途中获密报，又命胞兄阿巴尔，七弟阿格齐分兵一万，远袭。不料大军覆没。，只几十骑仓皇而归。
亦知胞弟被掳生死不明，族人惨筑京观，血气上涌，喷出数升，口言“伐明又增第八恨也，不屠戮沈家小儿满门，此恨永难消！”
于数日后在沈阳称帝，上尊号“宽温仁圣皇帝”，改国号为大清，仿照明制，逐步建立和完善国家统治机构，以取代八旗制度所行使的国家权力。
建立由满汉知识分子组成的“文馆”，职掌“翻译汉字书籍”，“记注本朝政事”，又将“文馆”扩充为内国史院、内秘书院、内弘文院，统称“内三院”，负责撰拟诏令、编纂史书、掌管和起草对外文书与敕谕、讲经注史、颁布制度等。稍后，又建立了都察院，改蒙古衙门为理藩院。皇太极通过这套政权机构，把权力集中到自己的手中。
加封孔有德恭顺王、耿仲明怀顺王、尚可喜智顺王，清初“三顺王”由此诞生，皇太极借此拉拢汉军旗弥补自己军权的不足。
隐隐之中皇太极感觉经此一战自己更加的力不从心，面临的形势十分严峻。外部受到明朝、蒙古、朝鲜的包围，处境孤立。内部由于贵族分权势力的矛盾、冲突日益严重。
他虽继承了汗位，但实际上在这之前自己是同代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒“按月分值”政务。权力分散，事事掣肘，徒有“一汗虚名”。
虽然自己采取各个击破的手段，打击、削弱分权势力，提高汗权。阿敏以弃守滦州、永平(今河北卢龙)、迁安、遵化四城的罪名，被终身幽禁。莽古尔与自己发生口角时，竟拔刀相向。也被冠以“御前露刃”之罪，革去大贝勒衔。可代善威望日益增加，多尔滚蓄势待发。
权利争斗的残酷让他不得不放慢了征战的脚步。
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