军采用军区制，军区由边防总督指挥。拜占廷帝国现有东方、色雷斯、伊利里亚军区、亚美尼亚四大军区，又称为东方、北方西方和中部四大军区。
边防军士兵从政府那里领取农田，自己耕种或雇人耕种，提供自给自足的军粮。边防军和野战军的最基层单位为班，每班5人；两班为一排；10排为一连（因此连长又称百夫长）；6连为一营（600人）；3至4营为一团（2400人）；3至4团组成一个师（10000人）。
拜占庭的海军隶属于海上军区，在斯特凡大公的苦心经营下，海军的力量十分强大，海军总兵力达到了13.9万人，拥有各种战船3200余艘。
海上贸易是拜占廷的主要收入来源，因此拜占廷海军在帝国的早期阶段受到重视。历史上曾经有过辉煌的战绩。717年夏天阿拉伯军队在莫斯雷马萨统帅下出动了2560艘船只攻打君士坦丁堡，在拜占廷海军的打击下，回到叙利亚和亚历山大港的军舰只剩下5艘。
罗马人十分聪明。他们的造船技术也十分先进，海军舰船高大坚固，各种机械的使用十分普及，舰船上很早就使用了抛石机、床弩等大型兵器，除此之外，他们还有一件秘密武器。
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