局势就在不经意之间发生了翻天覆地的变化，一切都如曹变蛟预料的那般在循循渐进的发展着，面对着局势糜烂的中原之态，曹变蛟选择了退后，以报凤阳之根基所在，但是并不是所有人都像他一样，比如孙传庭就是其中最显眼的人物。
孙传庭斩掉人龙以后，威震三边，从此后天天整治军队做平贼的打算，可是这时贼兵又围困开封，朝廷传令御史苏京过来监督延安、宁夏、甘肃、固原的部队，催促孙传庭出关。孙传庭上书说：“部队刚招募起来，还不能使用呢。”皇帝不听，严令孙传庭出兵作战，孙传庭不得已出兵，在九月里抵达潼关。
孙传庭在潼关经过几天的休整，崇祯帝依旧在不断催促孙传庭进军，孙传庭于十月份带着新募的士兵出征，官军一路上偃旗息鼓，潜行于山中，偷偷接近民军，打算来个出其不意、攻其不备。在河南郏县，官军潜至民军附近，孙传庭令部将左勷率左军，郑嘉栋率右军，高杰率中军设下埋伏，牛成虎率前军挑战民军，诱敌深入。双方接战不久，牛成虎佯装失败，将民军引入包围圈，四面伏兵突起，民军卒不及防，向东逃窜，官军追杀三十里，孙传庭在力不如人的时候，以智取胜，官军取得了久违有胜利，然而由于此时天降大雨，官军又饿又冷，没能继续扩大战果。
农民军虽初战失利，但毕竟人多势众，在官军打扫战利品之际，民军主力杀了个回马枪，官军抵挡不住，兵败如山倒，孙传庭率残兵败将狂奔回陕西。官军此战原为长途奔袭，试图以战养战，粮草供应不上，士兵们不得不采集没有成熟的青柿充饥，因此河南人将此战称为柿园之役。这次战斗官兵死了几千人，材官小将牺牲的有七十八个人，农民军得到了他们所丢掉的很多战马，孙传庭败走巩县，取路孟县进入潼关，已经无力再战了。
十二月四日，李自成攻陷并占据襄阳，左良玉逃奔承天，不久到武昌。李自成分兵前进，攻下德安、彝陵，相继攻克荆门、荆州，二十八日，焚烧献陵。崇祯十六年正月二日，李自成攻陷承天，巡抚都御史宋一鹤、留守沈寿崇等死，二十五日，消失已久的张献忠走出山林攻陷蕲州。三月，李自成杀害罗汝才，合并其部众，朝廷遂令大学士吴甡率师征剿李自成。
在李自成如火如荼的夺占湖广、河南之际，清将阿巴泰率军讨伐明朝，内大臣图尔格为副将，清军自黄崖口进入明朝边境，在蓟州打败明将白腾蛟等人，并连续攻破河间、景州，趋近山东兖州，擒斩明鲁王朱以派等人，并分兵到达山东莱州、登州、青州、莒州、沂
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