2006年12月26日。
这是地球上人类值得默哀的日子。
其实在人人大肆庆祝的昨日圣诞节的那个晚上，伴随着怒吼而产生的爆炸火光一飞冲天之时，人类享受的最后和平的日子就已经结束了。
乃木怜治，以第二形态的姿态重新复活，王者归来的他重新聚集异虫顶级强者们，正式开启了正面的强攻大战，准备以压倒性的数量和战力优势一举击溃人类。
人类一方最后的希望，ZECT和NEO·ZECT，担负起了抵抗源源不断的外星异虫的重任，无奈战事胶着，异虫一方准备充足，无所不用其极，人类方损失惨重，大片地区失守，形势岌岌可危！
全球范围，不少国家和地区的ZECT和NEO·ZECT机构组织纷纷在异虫持续的入侵中逐渐瓦解，随之产生的一个巨大的问题就是——难民。
人类流动性的剧增使得社会秩序动荡不安，这对抵抗工作更增添了难度，ZECT和NEO·ZECT不得不分出一部分力量帮助政府部门、警视厅甚至是医疗机构们安排转移好从世界各地逃难而来的群众。
日本东京，作为日本国的首都，象征着日本最后的希望。
但此刻，ZECT的蚁兵部队虽然全力出击，但是仅凭借着手中的强化刃和机关炮根本杯水车薪，一开始通过精密的布置取得的不错的效果，在异虫一方不断加强攻势，以及异虫自身防御不断提高之后，原本取得的优势荡然无存，时日久后，整个东京都布满了异虫的踪迹。
天道总司所在的NEO·ZECT，情况也不容乐观。
虽然手中持有兵装蜘蛛这个黑科技，但无奈面对庞大的异虫基数，兵装蜘蛛也没法面面俱到，不过好歹大大缓解了异虫一方的冲击力，使得异虫大军与人类方，以东京明治神宫为大致界限，形成了对峙的局面。
日本东京电视台。
“紧急播报，早间今天突如其来的异虫大军，与ZECT和NEO·ZECT激战一天，情况不甚理想，包括普通市民在内，伤亡人数已经超越了数十万之多，日本参议院已经通过决议，将今日定为全国哀悼日。下面再重复一遍······”
“哗啦——”
这个夜晚，在各个避难所和防空洞中的市民们听到这个消息，看到新闻上播放的那些白天战斗的惨烈画面，纷纷骚乱起来，一股不安在人群中弥漫。
“尽管此刻的形势严峻，但请各位市民对我们保持信心，我们Z
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