及。
孙元化的缺点就是对人性的复杂性和人际关系的复杂性认识不足。
当孔有德、耿仲明、李九成这些居心叵测的野心家前来投奔之时，孙元化未加思索，便将其引为肱股，孔有德被任命为步兵左营参将，耿仲明则被派往登州要塞，这无异于引狼入室。
他的愚蠢之处不仅在于把狼当作看家狗，更在于当狼露出狰狞面目的时候，仍想把它变成一条狗。
孔有德叛乱以后，这位东郭先生一厢情愿地以为可以用招抚的方式和平解决问题，没有配合采取有力的军事行动，甚至对自己身边的孔有德死党也不加防范。
当孔有德的军队杀向登州的时候，孙元化再次用人失察，派出东江旧将张焘率辽兵出城迎战，与张可大部共同夹击孔有德。没想到张焘与孔有德旧情复发，张焘的兵卒随即被孔有德和谐，而失去友军的张可大部被打得大败而逃。
登州被叛军包围以后，孙元化仍幻想招抚孔有德，就在他把孔有德当目的，倾情招抚的时候，孔有德却把他当工具，进行诈降。崇祯五年（1632）一月，他让部下300余人诈降混入登州城，与在城里的耿仲明等密谋策划，深更半夜突然打开城门，里外夹攻占领了登州城，活捉了孙元化。
总兵张可大退守水城顽强抵抗，终因寡不敌众，数日后水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽。
孔有德等人感念孙元化曾经收容和庇护过他们，放孙元化一条生路。然而志在效法朱元璋，推崇治乱世以重典的崇祯皇帝却不肯放过他，崇祯五年（1632）三月，孙元化、余大成等人被逮至京师问罪，虽经徐光启等人多方营救，未果。
七月二十三日，余大成等人被遣戍充军，孙元化与张焘一同被处死。
一代名儒、杰出的科学家、西洋火炮专家、明军中先进生产力的代表、纸上谈兵的赵括，迂腐的东郭先生——孙元化，退出了历史的舞台。
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