明朝除了在运河沿岸设立钞关之外，没有其他大规模收取商税的手段了，更别提向海商收税了，因为本朝禁海。所以，琼州营绕过朝廷的管制，在两个最大的海岛设立税关，在制度上是一种突破，为前所未有之创举。
虽然从征收的对象来看，琼州营收税和郑芝龙收保护费有类似之处，但是境界相差甚远。卖令旗、收保护费还停留在黑道做派的水准，而按商品价值、利润的高低分类收税，已经是近代国家的通行做法，实际上琼州营是利用朝廷在海上的权力真空，在行使国家权力。而且海上商税的制度成熟后，将来随着琼州营进军内陆，就可以向所有的行业推广。在刘烨看来，明朝商税和农业税的比例严重失调，国家财政收入不应该寄托在无立锥之地的农民身上，从现在开始，他就要凭借手中的武力慢慢养成国人纳税的习惯。
让自由自在惯了的海商集中在指定的港口纳税，看似是一个艰难无比的任务，但是实际上却没有想象的那么难。郑芝龙在覆灭之前，已经给琼州营打好了底子：三千两银子一面旗子，只要你在海上跑买卖，不插旗子就要你命。慑于郑芝龙的淫威，海商们都乖乖接受了这种规矩。现在海上的霸主换人，虽然规矩比郑家嗦了一些，但海商没有选择的余地，反正还是花钱买平安嘛，不过按货物分类纳税，银子花的多了些而已。不过在财大气粗的海商眼里，三千两和五千两、六千两也没有质的区别。
两广这一带是琼州营的大本营，琼州营凶名在外，无人敢捋虎须，加上巡抚暗中支持，无需大费周章，两广的商船乖乖地载着货物来博辅验货纳税。平日稍显冷清的博辅港一下子变得热闹非凡，南洋来的、往南洋去的、准备前往日本的，各路海商齐聚一堂，大大小小的商船一直排到了外海，都在等着新成立的“博辅税关”清点货物、收取税费后给他们一面旗子和一本小册子上面记载了该次航行所载货物的品种和纳税额，以及税关的名字、完税的日期，还有办税人的签名和印章。等到该船从南洋或者日本返回，新的货物又要重新清点估值，相应的内容就接着前次的继续填写，小册子可以反复使用。
梁小明领导下的技术研究院这次露了脸，他从广州挖来的印刷达人沈笑阳给纳税册子设计了防伪的技术，用红、蓝、黑等色在册子内页套印花纹图案，加上雕刻异常精密的印章，让一般人根本模仿不了，以防止有人假造册子逃税。
除了用多色套印的技术防伪，刘烨还准备从制度上堵住可能出现的漏洞，让台南和博辅两地税关的税务经办人员定
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