公室、两个副局长办公室，一个秘书部、飞船驾驶部、设备维修和保养部、生产管理部、仓库管理部、能源管理部、飞船空间管理部、航天材料和设备研究院和航天测绘院。
其中，生产管理部、仓库管理部、能源管理部、飞船空间管理部，都和综合行政事务管理局的一些部门，在职能上存在一些重叠。
而航天材料和设备研究院，则和飞船的科学院有一些职能重叠。
航天测绘院，又和天文测绘和天体物理研究所的一部分职能重叠。
于是最终，经过叶恒、魏东、刘昱君的商议，他们做出决定，把航天航空管理局的生产部、仓库管理部、能源管理部、飞船空间管理部，与飞船综合行政事务管理局的生产管理科、物资及仓库管理科、水利与电力管理科、飞船环境管理科，进行职能拆分。
生产方面，将飞船上的食品生产工厂交给综合行政事务管理局生产管理科管，而3D制造工厂、矿石开采厂、矿石分解厂则交给航天航空管理局的生产部管。
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