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第九章:学术自夸#

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“你的项目怎么样了?还需要我的号么?”柯栎在微信上问道。

祁旻有些奇怪他突然这么问一句,也没个前言后语,但转念想怕不是他的RNA结构预测算法又出了什么问题,正需要她来“互相帮助”呢。

“周老师同意我用‘雨云’了。”祁旻回复道,又接着打字,“你不用跑代码吗?”

这回回应她的是柯栎的语音通话申请。

“怎么了?”祁旻接起来问道,“RNA结构预测算法出毛病了?”

“唉,你都猜着了。”柯栎有些不好意思地说,“其实也不是大事儿,就是……我拿公司做深度测序测出来的序列分析,发现了一些奇怪的结果。”

“发给我看看。”祁旻说道。

柯栎从微信上把他跑出来的一组奇怪结果发给祁旻,祁旻从电脑上打开压缩包,看了一眼这十几条序列,也没瞧出个所以然来。

“这几条怎么了?”祁旻问道。

“你等会儿,我这儿正在给你发结构预测结果。”柯栎说道,“行了……你看这几条玩意儿,怎么长得这么奇怪呢?”

祁旻点开他新发的压缩包,打开了其中一条序列对应的预测结果图。这RNA的确长得够怪,其实有一部分看起来好像还挺规则,但剩下的部分简直像是压根儿无法形成稳定二级结构一样。

“你这是mRNA吧?”祁旻问道,“你是不是忘了除mRNA了?”

“不会吧……我是用的别人TRIM好的数据。”柯栎犹豫地说,“怎么除mRNA?”

“你把序列MAP回基因组上,再把MAP到编码区的部分都删掉就行了。”祁旻说道。

“哦……”柯栎似懂非懂地答应了一声,又问道,“但我这个应该是已经除过mRNA的数据了,rRNA和tRNA也除过了。”

不是mRNA又应该是有功能的RNA,但是二级结构近乎无定形……祁旻突然想到:“你没去内含子吧?”

真核生物存在RNA的剪切,某些具有功能的RNA在体内是剪切之后才能发挥作用的。这剪切之前的RNA和剪切之后的RNA二级结构当然会有所差异。

“你等等……”祁旻在Jupyter上开了一个新PY文件,导入柯栎给她的这十几条序列,用已有的基因MAPPING包把它们MAP到人类基因组上,果然发现其中好几条都MAP到了同一位点上,只不过有的缺了这几段儿,有点缺了那几段儿,显示出


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