第三个阶段，林飞运用炮兵，炸开马尼拉的城墙，派遣步兵部队进入城中展开巷战，在巷战的同时，还派出狙杀队、“第五纵队”对敌军后方进行袭扰，在多种战法之下，林飞最终攻克了马尼拉。
在这三个阶段的战役中，林飞部队共歼敌12000余人，俘敌3000余人，缴获大批枪支、子弹，缴获山炮四门，炮弹若干。林飞部队阵亡3000余人，有1000余人受伤，阵亡人数之所以比受伤人数多，完全是因为华夏帝国缺乏先进的医药和战场急救手段。
马尼拉战役的胜利，标志着华夏帝国从一个区域性小国向地区性大国的转变，为华夏帝国成为世界性大国打好了铺垫。
军事角度上，马尼拉战役最大的亮点就是云爆弹的使用，这是云爆弹第一次出现在人类战争舞台上，不过林飞把云爆弹列为了华夏帝国的绝密武器，所以世界各国都不知道华夏帝国拥有云爆弹。
林飞在得知部队占领全城之后立刻展开后续工作，第一步就是召回独立一团成员，重新给他们发放枪支，让他们组建城卫队，担任马尼拉城的警备工作，而林飞的主力野战部队，除第一旅第一团在城中留守之外，其余全部撤出马尼拉。
林飞这样做的目的有两个，一个是部队集结在城外，便于自己统一指挥，毕竟现在桑德斯总督还带着一些部下在逃，另一个是减少与当地人发生摩擦的可能性。
7月9日晚上6点，何凯生來向林飞报告：“陛下，巴拉克总督和克拉罗斯已经见面了，密谈了良久。”
林飞笑了笑，问道：“巴拉克总督和克拉罗斯怎么不來见我？”
何凯生答道：“那个克拉罗斯说了，在大英帝国的战舰到來之前，他不会再见您了。”何凯生说完之后面露忧色，小心翼翼地问道：“陛下，大英帝国的战舰要是真來了，我们怎么应付？”
林飞神秘地笑了笑，说道：“你放心吧，我自然有办法。”
何凯生也不多问，去忙自己的工作了，林飞则继续安排后续事务，他派遣总参谋长李明白代表自己进驻马尼拉总督府，然后在总督府宣布……华夏帝国正式取代西班牙帝国，成为马尼拉的统治者。
李明白在林飞的指示下，于7月9日晚上9点发布公告，华夏帝国马尼拉特别市临时市政府正式成立，由李明白担任特别市市长，取缔一切西班牙政府机构，为维持市内稳定，原有西班牙法律维持不变。
特别市市政府一成立，林飞和李明白等人都十分紧张，因为他们
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