日军为了防御旅顺要塞，特地从各个师团选调精锐，编成了旅顺要塞驻屯军，由陆军大将大山岩担任司令，大山岩是日本陆军元老，1885年的时候曾经担任过日本陆军大臣，也就是陆相，在甲午战争之时，他指挥日本第二军在金州、大连一带登陆，并围攻旅顺。
在攻克旅顺之后，大山岩纵容部下对旅顺展开洗劫，发生了震惊世界的旅顺大屠杀，旅顺大屠杀虽然发生，可是大山岩却认为，对旅顺进行屠杀不算什么，是完全正常和恰当的。
日本旅顺要塞驻屯军总共有三万人，要塞中囤积的粮食，足够三万人吃上五年，这么多粮食，日本只囤积了一小部分，大部分都是清军当年囤积的，清军在弃守旅顺要塞之后，把这些粮食全都留给了日本人，没有一个人想到烧毁这些粮食。
值得一提的是，日本人在旅顺要塞中囤积了大量黄豆，日本人之所以要囤积黄豆，也是有独到考虑的，要塞防御作战，常常要坚持很长时间，几个月、甚至是几年，在这种情况下，蔬菜会变得极其匮乏，因为蔬菜容易腐烂，难以长时间保存，而人体是不能缺少蔬菜的，缺少蔬菜，会让人体极度缺乏维生素，导致败血病的发生，严重的可以导致死亡。
这一点在世界战争史上有前车之鉴，林飞时代日本围攻旅顺要塞的战役，打到最后，被围困了将近一年的俄军缺乏维生素，非战斗减员极其严重，最终不得不向日本投降，投降之后第一件事情就是向日本人讨要蔬菜和水果吃。
日本打开俄国人的粮仓一看，当时就笑了，因为里面满满的都是黄豆，如果那些俄国军官能有一个，拥有华夏农民的智慧，把黄豆发成豆芽，就不会缺蔬菜了。
日本文化启蒙于华夏，农业文化更是如此，他们当然知道用黄豆发豆芽的法子，因此囤积了大量黄豆。
日军囤积好了粮食，要塞工事也进行了精心加固，日军对要塞工事进行了别出心裁的改进，并把这些工事命名为“叹息之壁”，意思是无论是谁，来到这些工事面前都只能叹息。
日军这种防御工事由高低不同的三层组成，最后一层，也就是第三层，最高，高出地面十五米，上面每隔三百米部署一门火炮，火炮一部分是日军自己的，更多的是清国的，这层工事主要负责远距离杀伤敌军，由于火炮的布设位置高处地面十五米，所以杀伤距离高达三千多米，只要有敌军进入靠近工事三千米的距离，就会遭到火炮的沉重打击。
第二层防御工事位于最后一层工事下方，高出地面七米左右
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