六月初，政务院和圣学院、都察院多次对如何妥善处理与南北商会的纷争一事进行了商讨，一直到六月中旬才有了个结果，就是拆分路商局为商税局和公路局不变.为了照顾南北商会的情绪，也为了避免朝廷失去信用，三个部门又抽人专门跟南北商会进行了直接磋商‰记住本站的网址：☆后结果就是商税两成不变，商业活动中利润两成封顶不变，因为这两个不变是天启原来的要求，皇帝的面子还是要给的，在照顾皇帝面子的同时也准备给商家作些补偿。
为了避免商会瞄着火耗利润心有不甘，最后决定不按年成收火耗，而是按实际造币量收火耗。其中银子铸银币时实际火耗为一成，但要按两成收取火耗，多余的这一成拿来发给清廉的官员算是养廉银，朝廷不在这里面获取丝毫收益。见朝廷都不把火耗当作收益存留下来，山西商会和湖广商会的人也死了心决定从中退出，他们怕再贪心不足会激起所有官员的怒火，商人跟一个官员作对没什么，如果跟所有官员作对那就是找不自在。
见两个商会的人有眼色知道取舍，圣学院建议听从天启的意见，将商税局再次拆分为税务局和工商局。在这里作了一个变通，就是把工业和商业分开了，低买高卖获取差价的称为商业，将物品重新组合加工的称为工业。当然，两成利润封顶的限制局限于商业，工业暂时不作封顶，这样既尊重了皇帝的意见，也算是对商人的一种补偿。见朝廷这样变通退让，山西商会和湖广商会的两个会长也非常满意，觉得对商会中人也算有了交代。
收税事务上商会退出了，造币事务上商会也退出了，现在只剩下一个公路局事务和钱庄的放贷业务。对于有商人提出这两项他们也退出时，圣学院的意见是现在不行，因为现在朝廷没钱。假如有人真想退出，现在退出的人只能拿回一半银子，三年后退出的可以拿回本金，五年后退出的可以多拿一半本金作利息。就是说假如有人出资一百万两，现在要退股就退其五十万收回股份，三年后退股的能拿回一百万本金，五年后退股的能拿回一百五十万。
为了平息股东们对这事的不满，朝廷允许股东们自己私下转让股份，也允许他们把家中见不得光的存银分批换成银元。朝廷原来只把税银和参股银化了造银币，对来历不明的走私银不作兑换反而要严查，现在允许股东们分批兑换相当于帮他们洗黑钱，或者是允许他们在帮别人洗黑钱时捞一笔。对这种补偿股东们心知肚明也不再计较，有的人还欣喜若狂。
明朝立国初期流动银两数并不多，到了天启年间
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