12月5日，省议会质询会议的第二天，原中江市灭鼠指挥中心被撤消，一个更高级别的灭鼠指挥中心迅速成立。
国务院副总理张怀玉亲自担任指挥中心指挥长,国家卫生部部长田应平与益州省省长秦海川担任指挥中心副指挥长，不过张怀玉副总理,田部长暂时还不能到任,指挥中心日常工作由秦省长负责,其他指挥中心成员包括：
中江市常务副市长、代市长李元方
西南军区驻中江市部队，陆军第45机械化师师长包善东少将
省林业厅厅长汪汉，中江市林业局代局长陈邦宪
省卫生厅厅长张月生，中江市卫生局局长韩强
省警察厅厅长谢国强，中江市警察局局长高飞。
中江市宣传部长张洁
林语森教授继续担任指挥中心顾问，宋清河作为林教授的助手也成为指挥中心的成员。
指挥中心依然设置在中江市体育馆2号大楼。整个2号大楼7层楼全部被指挥中心占用。
陆军第45机械师全师出动，除了师直属部队驻扎在市体育馆，3个机械化团分别在靠近山区的赶水、毕云、苍南县城内营造基地。
西南军区将直属陆航大队全部抽调，包括S—70大型直升机25架，直—11小型直升机5架配属给指挥中心，从直属空降团抽调抽调1个伞兵营——约400名伞兵驻扎在中江市内。从军区炮兵部队抽调了2个火箭炮营加强45师。另外，西南军区还将陆续调拨一批装甲车、火焰喷射器等装备给45师所属部队。
紧接着，省卫生厅医疗组接管了中江市内4家医院，其中包括赶水、毕云2家县级医院，将其作为应付鼠类传染病的大本营，调拨了大批药品、医疗器械与救护车，以加强医院应付紧急事态的能力。
与此同时，指挥中心再一次发布了封锁令——整个西部山区所有的进山路口都部署了军警设卡，严禁人员进入山区。山区所有的货运、客运车辆停运，指挥中心还联系国务院铁道部停发了通过山区的所有列车班次。
另外，指挥中心还向全国化工厂发出了收购杀鼠剂的大量定单。第一批杀鼠剂的收购数量为1万吨。由于益州省财政能力有限，国务院给指挥中心专门调拨了5个亿的资金支持。但是，即使有财政上的资金支持，如此巨大的杀鼠剂要生产并运到中江市至少也要1个月以上的时间。目前指挥中心拥有的杀鼠剂不超过1500吨，这些杀鼠剂大部分还是刘笑他们盘下的那个化工厂提供的。
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