铃羽告诉牧濑红莉栖，想要拯救冈部伦太郎，必须利用时间机器回到过去，但男主拒绝了，还让阿万音铃羽回到未来，把时间机器毁掉。
等到跟阿万音铃羽分开，男主跟牧濑红莉栖走在外面。
男主让牧濑红莉栖忘记他，却在牧濑红莉栖嘴上亲了一下。
牧濑红莉栖回亲了一下，然后，两人各自回去。
第二天，快要消失的时候，男主才给牧濑红莉栖发了一条道别的邮件，牧濑红莉栖看到邮件之后，终究还是忍不住跑去实验室找男主，中间因为跑得太快还摔了一跤，然而，好不容易跑到实验室，刚刚看到男主，还没来得及将她的心意告诉男主，男主就消失了。
牧濑红莉栖哭了，第一时间就想将时间跳跃机器搞出来，想回到过去，只是被真由理阻止。
尔后，因为缺少了男主，实验室渐渐地有些维持不下去。
牧濑红莉栖虽然决心要尊重男主的意愿，但还是忘不了男主。
某个晚上，她在外面，阿万音铃羽又找上她，告诉她，未来的时间机器就是她制造出来的，但是虽然造了出来，却从不使用，也不让任何人使用，说她一直都处在矛盾与痛苦之中。
在阿万音铃羽的劝说之下，牧濑红莉栖跟她一起坐上了时间机器，回到05年，也就是男主小的时候。
想依靠向男主脑中植入强烈的记忆，“欺骗”男主，从而拯救男主。
不过，虽然回去了，但第一次却失败了。
经历了失败的牧濑红莉栖，也明白了男主曾经经历的痛苦，明白了那种什么都拯救不了的无力感。
她想要放弃，不过在跟实验室的众人一番交流之后，她又重拾信心，再一次坐上时间机器，再一次回到05年。
这一回，她成功了，在车站的月台上见到了小时候的男主，在男主失落的时候，跟男主说了一些话：
“你知道...凤凰院...凶真吗？”
“是个科学家，而且不是一般的科学家，是狂人科学家，疯得简直无人能及，说话做事都颠三倒四，周围的人一直笑话他。”
“他说的话，他的研究以及他的发现，都被大家无视，很不巧，他发现的东西只有他自己能察觉，他还发现，那东西会让人陷入痛苦，受到伤害，甚至会让世界破灭，于是他拼命地试着保护大家，为了拯救世界，无数次地，不停歇地战斗。”
“终于，他成功保护了所有重视的人，但却没有人知道他做的这一切，
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