如今的大乾疆域已经是幅员万里，北到昂可拉河，南到长城，西到咸海，东到鲸海，如今巨大的地盘需要好好划分管理。因而派鞠文泰去西域赴任西域都护府长史，管理西域各城邦国家，而对于其他地区，郝连旻则设立镇抚司管理，西面路抚司设置在虎思斡鲁朵，也就是原来的碎叶城，西北路镇抚司设在寻斯干城。这两路分管原来的乌浑汗国故地，而北路镇抚司设立在可敦城也就是北镇州，中路镇抚司就驻守于永兴府，这两路管理原来北胡以及突勒故地，东北路镇抚司驻守于五国城管理黑水肃直各部，东路镇抚司驻守于辽阳府，管理原来的海东国。全国范围内修建驰道，联通帝国各处。
而对于海东国故地，则按照海东国原有体制以再以州县管理。同时郝连旻按照在草原的习俗编列百户和千户，这样原来乌浑控制下的各部落以及乌浑的部落就可以和突勒以及草原上各部族一样了。
在中央行政方面，郝连旻称帝之后根据突勒旧制又参看大雍制度设立了北枢密院掌握掌兵机、武铨、群牧之政。南枢密院掌文铨、部族、丁赋之政。与南北宰相府共同负责草原诸部事宜。而南北宰相府则是辅佐皇帝掌握军国大政。另外还有北、南夷里堇院负责草原诸部的军民之政，类似于中原的户部，夷离毕院管刑狱诉讼，类似于刑部，南北宣徽院则像是工部，敌烈麻都院管礼仪，类似于礼部。不过这些官员都是随侍在皇帝左右的官员，府衙也是随着皇帝四时捺钵，机构比较简单。
同时还有惕隐管制赫连宗族，林牙修文告，而大于越坐则是而论议如同中原的三公，地位崇高。
还有设立类似中原的三省六部与管理汉人以及海东人事物，但是许多是空有名号而已。并且因为大乾皇帝四时捺钵，官员也跟着皇帝，因此皇帝在哪里，哪里就是中央，因此宰相是在捺钵集体商议政务，随后下命令给地方，以及中央各机构。
其实严格说起来，各机构与南北宰相府等没有严格意义上的隶属关系，而且大乾皇帝四时捺钵，因此所有的事情都是在捺钵之中商议，随后以皇帝旨意下诏给各级机构，平时永兴府也只是留下部分官员负责处理日常军政事物。
地方上则是各镇抚司，他们再管理辖区内各州节度使，防御使，团练使或者刺史和千户，而各州下属各县，各千户下属各百户。随后按照韩若冰的建议，再设立多个转运使负责税收的征集与运输。这样设置保持政令通畅。这样的一来也明确各级管理的上下级关系，解决了大乾建立初期政令混乱的情况。
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