分别划拨白银共计三十万两作为开办费用，并下令所有把总以上级将官入校接受半年的培训，加强军事教育，提高军队的战斗力。
结合整顿军镇情况，统一了各部队的番号，以十二生肖为部队的称呼，授予每支部队的军旗，增加军队中士卒们的荣誉感，下旨提高军队待遇，严禁各地歧视军队人员，并开始实施军人带军的制度。
这些制度的出台，遭到了一大批守旧人士和士绅儒林代表的反对，可这些文人没有几个懂得军事的，他们搬出来的一套，无非就是军人揽权，于国不利，改革军制，废弃祖宗之法，乃国之大忌，夏云帝命人撰写文章，强力反驳了这些鼠目寸光文人，从军事角度上阐述了这次改革的重要性，加上皇帝的权威，倒也一时让这些个政策得以通过。
第二件事情，就是整顿京城十八衙门官员，从新调整了各部堂官，自大明成祖问鼎天下，移都北京以来，便设立了百官依职掌权力划分的制度。
在京中共分有九大衙门，九小衙门。九大衙门是吏、户、礼、兵、刑、工六部加上都察院、通政司和大理寺；九小衙门依次是詹事府、太常寺、太仆寺、光禄寺、鸿胪寺、翰林院、国子监、尚宝司和苑马寺。九大衙门的掌印者，习惯上称为大九卿。九小衙门的主管，俗称小九卿。这十八衙门组成了一个完整的中央政府管理机构，到了孝宗皇帝始，开始了内阁代表皇帝行使权力。
为了加强这些衙门里的工作效率，夏云命内阁筛选了得力的干才，登录记策，做好名单，呈送给自己御览，自己则亲自依据各部职责划分的范围，以部门责任制办法，一一考核了这些官员，对于只会做文章，不懂得办实事的人，通通发配到翰林院或者国子监去搞学问，那些有真才实学，但资历浅薄的，纷纷破格提拔。
夏云帝借军事上的胜利，开展对文官统治的整顿，让很多守旧派的大员、官吏纷纷不满，但是对于皇帝他们是无法弹劾或者攻击的，于是将这些矛头，对准了内阁中一帮子被夏云信任的阁员。
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