通州，虽然将京畿一带屯垦练兵事务，以及工农商贸百业打理得很好，但是远离中枢，却也让他感觉与朝廷中枢产生了梳理。
特别是眼前这个皇帝对京师勋贵世家的痛下狠手，让当时身在蓟州的孙承宗忧心万分，虽然结果是好的，但是整个决策过程，他却全没参与，这让他感到了一种危机，长时间远离中枢，就会失去对皇帝的影响力。
在他看来，年轻的皇帝如果没有他这样的老臣辅佐，就有可能一着不慎，断送了眼前好不容易扭转过来的大好势头。
另一方面，也算是一种避嫌。
崇祯皇帝对孙承宗的过分信重，早就引起了一些朝臣的不满，个别御史言官上书弹劾他重用旧部、故人，搞得如今满朝要职皆其羽翼旧部，有结党营私的嫌疑。
御史言官上书弹劾重臣，在明朝中后期是常见的事情，更何况一些御史的弹章说的还不是纯粹的捕风捉影，比如孙承宗是保定府高阳县人，就这一条，他任直隶总督就是有违祖制的。
不过当初皇帝乾纲独断，让孙承宗当了直隶总督，也没有人敢执意反对罢了。
崇祯皇帝虽然对于这样的弹劾奏章，一概置若罔闻，但是身为内阁阁臣和军机大臣的孙承宗本人，也是能够看到这些弹章的，之所以始终没有提出来这个问题，是因为他心底坦荡，知道那都是无稽之谈，自己一较真，反而有误国事。
如今京畿之地大刀阔斧的整顿调整已经完毕，虽不说固若金汤，但是短时期内不会有什么大的问题，接下来不过是巩固治理而已。
再说，如今的京畿也的确到处都是自己的部属故旧，马世龙、尤世禄成了近卫军第一镇的都统制、副都统制，尤世威成了蓟镇的总兵官，其他诸如武备院、讲武堂也都是自己安排或者推荐的人选，而直隶总督府更成自己的自留地。
如今近卫军第一镇已经成立，而其都统制马世龙是自己的人，这一点更是人所共知，若是自己仍然在直隶总督的任上，把京畿之地的军政大权全都抓在手中，久而久之，就是朝臣御史言官不弹劾，皇帝的心里也必定会不舒服，与其如此，倒不如主动卸任，一来堵住别人说闲话的嘴巴，二来也能向皇帝表明自己的心迹坦荡。
所以，跟着皇帝从通州回来的路上，孙承宗就已经决心尽快辞掉直隶总督等一系列惹人议论的职务，专任军机大臣了，这时说出来，心里顿时一阵轻松，不管皇帝如何决定，他都已经表明了自己的态度。而这个态度却是比什么都重要。
孙承宗
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