叛军在登州整合了数日，将数千俘获官军与叛军主力混编，不加入叛军的官军一律处死，孔有德用血腥的手段告诉投降的官军逆我者亡。
登莱水师的大部分战船一同被俘，连指挥使王佥都被俘获了。
为了扩大影响，孔有德、耿仲明派人返回东江诸岛联络对大明不满的各个军头，自从毛帅被杀，很多毛帅旧部受到排挤，从皮岛被调离到鹿岛、石城岛、广鹿岛等处，他们对朝廷的怨气真是不要太少。
放到谁身上，亲近的主帅被杀，自家从嫡系部下变成丧家之犬，从东江中心来到荒凉小岛，两三年没有领到大部分粮饷，全靠自己屯田和走私辽东山货支撑，也对朝廷恨之入骨。
同时为了占据整个登莱，也为了在登州的前方有个屏障，孔有德、李九成、耿仲明商议后，由孔有德、李九成统领叛军主力骑兵四千，步队四千攻取莱州。
而由耿仲明统领两千余人和三千余人的水师留守登州，要晓得在靖海卫还卧着一头猛虎，这可是嗜杀建奴的猛虎，虽说这头猛虎同建奴两败俱伤，但是他还是猛虎。
当然，孔有德李九成的反叛对赵烈有利，减轻了赵烈的压力，朝廷暂时是顾及不到他了。
孔有德也派张文焕同赵烈达成了协议，银两也以奉上，双方井水不犯河水，其实大家都明白只要赵烈不兵范登州就是万事大吉，什么互不侵犯。
但是，孔有德以己度人，协议就是废纸，随便就能撕毁，因此赵烈是不得不防，为此他留给耿仲明一千叛军主力，这是同他们一起在吴桥叛乱的老弟兄，战力颇强。
元月二十九日，孔有德所部攻占掖县，援助莱州的通州总兵杨御藩、天津总兵王洪的四千援军也进抵掖县。
两军方一列阵，王洪所部看到敌众我寡当即溃散，杨御藩独木难支，两军被孔有德叛军在后大砍大杀，损失近半，逃离而去。
孔有德叛军没有了后顾之忧，回身攻击莱州。
时新上任的登莱巡抚谢琏、山东巡抚徐从治刚刚进入莱州，就迎来了叛军主力。
两位巡抚和莱州知府朱万年一同组织莱州卫军兵和青壮守城，由于孔有德叛军在山东众多的奸】淫掳掠的暴行，莱州城百姓可谓是众志成城，叛军几番攻城不下，双方在莱州僵持起来。
三月，兵部侍郎刘宇烈以督师的身份统领蓟门总兵邓玘、保定总兵刘国柱、昌平总兵陈洪范、山东团练总兵刘泽清所部共计两万余骑步军前往莱州平叛。
四月两军
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