给他们撑腰，所以甲贺的地方武士们成了坚决支持六角氏的武士集团。也因为如此，失去了年贡的比叡山和朝廷大臣等数个势力集团把愤怒的矛头指向六角氏及其属下各势力集团的，于是他们强烈要求足利幕府对六角氏进行讨伐。足利幕府经不起这些人的要求，派第九代将军义尚终于亲自披上了红色铠甲出击，于长享元年（1487）在甲贺钩村的安养寺构建宫室，设立了本阵（也就是大本营），这就是所谓的“钩之阵”。
在一个风雪交加的晚上，甲贺的五十三家地方武士们聚集起来，开始对钩之阵发起奇袭。
他们着黑色装束，带着不同于武士们的武器和各种小巧实用的装备，以极其敏捷的动作越过了壕沟和城郭等障碍，随后用火药放出大量烟雾，同时四处纵火烧毁了城郭和城楼，六角氏在这场战役中几乎就是凭借甲贺地方武士这种非常规游击战法获得了最终的胜利。
这一战之后，随着“甲贺武士使用的是忍术”这一说法的不断传播，甲贺忍者的名声开始威震全国。
在这次战斗中，五十三家甲贺武士中，有二十一家因军功卓著而获得了六角氏颁发的奖状。据说从此甲贺的地方武士对六角氏的忠诚便颠扑不破。因此六角氏所给予的，在他们看来是比金钱更重要的身份和地位。
日本战国时代是一个普遍以下犯上的时期，但在几百年的辅佐时期“甲贺忍者”却没有以下犯上的现象出现——这也是“甲贺忍者”最重要的特征。
从大破“钩之阵”之后，甲贺五十三家中产生了指导者。但他们却没有自成一国，而是整个甲贺地方武士集团团结共进。之所以产生这种局面，一是因为他们的实力都在伯仲之间，没有绝对可以凌驾于他人之上者；另外兵力和财力都相对平均化，而且分家也不受本家统制，都是各自为政，因此没有构成独立一国势力的必要基础。
在整个甲贺郡，有着将近三百座城池，这些城都是方形居馆，连形状也都几乎一样，绝大多数都坐落在视野良好、可以将周边景物尽收眼底的丘陵顶部，每边都是长约五十米的城郭，外面设有空壕。另外有些同一血缘的忍者，还会共同建筑一座供逃跑时候落脚用的隐秘山中小城。
各个地方武士之间按血缘关系形成的集合，在那里被叫作“同名中惣”，同时他们还加强了横向联系，组织了名为“甲贺郡中惣”的地方小领主联合体。但这些小领主们并不是一个全员一致的统一联盟，而是一个各自具有一定自主性的联盟。这样的体制客观上形成了适合忍者成长
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