数个部省，调动和补入的官员上百，但赵昺依然不敢大意，从事务局抽调人手会同御前办对举荐和拟任命的人员进行复审，标准就是家事清白，政治过硬，业务精熟，文官有在军中任职的经历，武人有领兵作战的经验。
如此一来工作量大增，不仅御前办的人夜以继夜的工作，赵昺当然也闲不下，淡泊阁的烛光常常彻夜不熄。而白日他除了参加例行的朝会外，还要召开堂议协调各个部门的工作，诏令众臣进宫觐见询问情况。加上因为此次军改涉及编制的改动，不免引起人心浮动，他除了召集各部军将进行解释和安抚，还亲自前往各军巡视，以稳定军心，可谓是工作夜以继日，难得休息片刻……
八月末各部终于在赵昺严厉敦促下完成调整，兵部和枢密院在经过短暂的内部整顿后，于九月中旬开始正常办公，随即对各军的整编工作全面展开，而这项任务更加繁琐和复杂。而此刻陈吊眼再次率军攻下漳州，蒙元调集大军进行清剿，一时间东南震动。
如此陈吊眼称王自立的事情也为行朝所知再掀波澜，朝中众臣纷纷上书，或要求对叛逆予以剿灭，或请求对此部义勇予以招安。赵昺发现朝中众臣对待此事的态度有些微妙。
主张对陈吊眼这帮‘逆贼’予以剿灭的却是一班文臣，他们以为陈吊眼身为大宋子民不思报国，却趁国事衰微之机，聚众建国自立，不奉天朝正朔为主，实乃大宋的叛逆。若不及时将他们清除，各地乱民将纷纷效仿，则会妨碍复国大业。
而一向主战的武臣们则对出兵征剿陈吊眼持反对态度，以为他们虽然自立，却并未奉蒙元为主，而是打着反元的旗号，这正与朝廷相合。朝廷可予以敕封招安，将这支反元力量收为己用，作为来日复国之战的助力，却不是跨海征剿，徒耗军力和钱粮，那样只会助纣为虐。
对于如雪片般的奏疏赵昺却全部压下，未置可否。他清楚文臣们要求清剿陈吊眼，一者是在这局势微妙的时刻表明己方坚决维护朝廷正朔的决心；二者他们从心里还是对陈吊眼这些乱民有提防之心，怕其投靠蒙元，转而对行朝不利。而武人们则没有那么多的花花肠子，一切从实际出发，一者陈吊眼曾助宋军攻打泉州，尚有袍泽情分；二者军中兵丁半数以上为义勇出身，自己去打他们不免有兔死狐悲之感。
现在是军改深化之际，赵昺当然不肯出兵，且自己也早有安排，因此只向几位宰执通报了自己掌握的情况，让他们压下此事，当然他在其中的布置秘而不宣，以防泄密导致事败害了许夫人，更破坏了自己的大
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