自招到大批新附军人后，元廷即着手将其原有的组织系统打散，分编到元军的中央侍卫亲军和地方镇戌军队之中；或以蒙古、汉人、南人军官相参，建立新的军府，管领新附军人。每当有战事发生，总是首先调发各军中的新附军人出征，不参战的新军人则要从事屯田和工役造作。经过多年的战争消耗和自然减员，新附军数量日益减少，数量可观的新附军便被元廷的各种军事组织和纷繁的战事里逐渐消耗掉了。
北方是蒙古的心腹要地，成为蒙古军、探马赤军的重点戍防地区。原来在江北立足的汉军，宋亡之后大多南下分驻江南各地屯驻，只有少数军队留在江北。淮河以南主要由汉军、新附军屯戍，并配置部分蒙古军和探马赤军监视。边境地区由分封或出镇其地的蒙古宗王所部和归附蒙古部族军配合防守，以北控南、压南，必要时可以掩护向草原撤退。同时也在江南陆续建立万户府、元帅府等统军机构，属下军队以汉军为主体，参入新附军人和部分色目军人。
元军的这种部署方式凸显出忽必烈等人的谋虑，表现了内外相维、层层控扼的特征。大都、上都和腹里地区，驻扎中央宿卫军队，作为军事控制的核心。北面草原上的蒙古军和驻守在黄河南北、陕川要地的探马赤军，合成一圈藩护中央的防线。在江南地区及沿边地区戍守的汉军及乡兵等，则形成一道更大的防线。一旦发生战争，不但当地军队参战，邻省军队和探马赤军等都可迅速调来，如需要的话，侍卫亲军亦可出征。
忽必烈的意图是通过探马赤军监视各行省的汉军，又有侍卫亲军作为后盾，从而形成一套较严密的镇戍体系；另外他的部署即有防范外族之忧，它亦针对着蒙古贵族的腹心之虞。对内作为蒙古帝国征服主力的蒙古军尚羼杂有为成吉思汗家族兼并和挟制的诸蒙古部族，这些部族并未得他们的完全信赖，甚或蒙古亲族之间也往往因争夺汗位、权力与草原资源而兄弟阋墙。
依靠“汉人”统领的部分军队以镇戍边地或敉平蒙古腹地内乱，收犬牙相制之效。看似这种体系很完美，不过在赵昺看来也只是看似很美。首先汉军在元军体系中地位低下，军中各重要职位均由蒙古人担任，汉人将领不得僭越，仍须由缺乏军事经验的蒙古人出任名义上的主将。
汉人将领不许将蒙古诸军，且协同作战时须由蒙古人出任首帅，以赵昺看在初期其实是蒙古人一种自然的、实用主义的制度安排。客观的说草原民族本身即具备较充足的军事人才储备，加上早先归附的色目人集团，并无必须吸纳汉人以充实指
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