对外暂不能打宋军旗号，而是以大理复国军的名义作战，军服为传统军服，不得带有宋军标志。先期以钦州为基地集中秘密组织训练，待训练完毕后投入作战。
因为当下重庆地区尚有宋军官兵在坚守，因此打着援川的旗号组建征西军。兵员从驻京的山地旅抽调一团、炮一师二团，辎重一师三旅和骑兵二师一旅组成特种兵纵队。步军则由驻鄂州的六军和江陵的七军各组建一个步兵旅，并抽调驻湖广独立一师，组建三个步兵师，并由长江水军编成一个支援运输船队加入作战序列。全军共有兵员两万六千余，以七军副都统祁斌为都统。
同时在鄂州建立后勤补给基地，由湖广置司负责筹集调拨物资，支援对川蜀作战，而朝廷则通过减免税赋和调拨资金予以支持，不增加湖广百姓的负担。各军在接到命令后务必于五月达到鄂州集结，整编后即刻投入训练。由于当下已经涨水，溯流而上行舟困难，因而暂定在九月出兵，那时上游雨季结束，水流减缓，但水深可行大船。
一连十数日，赵昺接连签署数道命令，调集部队出征。这天他忙乎完公务，天已经黑下来，他出了门却闻到一股臭味。起初他还以为是哪个不长眼的猫狗在周围拉野屎，可小黄门们寻了一圈也没找到，可赵昺走到湖边臭味更浓，这才意识到宫中弥漫的臭气是来自于湖水。
赵昺有些纳闷，北宫后苑的小西湖中的水源自城外的西湖，通过水道引导这里的，并非是一潭死水，且去年大修时才刚刚清理过的湖底淤泥，湖水怎么就臭了呢？带着疑问第二天，他亲自乘着小舟在湖中转了一圈，没有发现有大量的死鱼死虾和能够发出臭气的水生植物，这也就表明臭气不是自产的，而是由源头带来的。虽然这臭气不至于熏死人，可自己堂堂一个皇帝整日守着一潭臭水过日子，怎么也不舒服啊！
于是赵昺急令临安知府蔡完义进宫觐见，一问之下才知事情大了。由于前期临安陷于敌手，疏于管理，导致城中水道淤塞，水质恶化，民众屋舍侵占河道，加上沿河居民多将粪土瓦砾抛扬河内，也会导致城区水道壅塞，水流不畅，两岸居民节次跨河造棚，污秽窒塞，如沟渠然，水无所泄，气息蒸熏，过者掩鼻”，成了臭气熏天的臭水沟。使得情况更加严重。
收复临安后，虽然加强了管理，并进行了疏浚，但仍有人家偷偷将污水排进河道中。且还都后，大批官员和军队的入驻，人口暴增，也是导致河道污染的原因之一。此外，在蒙元占领期间，许多人趁乱买了湖边地，甚至是巧取豪夺，他们临湖建设园舍，
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