内廷改制的工作进行的十分顺利，赵昺依旧按照自己的设想进行了改变，内侍省下设秘书监、殿中监、将作监、军器监、内务监及皇城司，即五监一司，分管内廷各项事务。以郑虎臣为内侍省左相，王德为右相，分掌内外。
秘书监职能得到扩充，其实也就是将御前办的功能接收，并加以扩充。殿中监则分了皇城司的过去部分职责，接管了内廷的一应杂务。将作监、军器监一切如常，而内务监则掌管内宫事务，设六尚局，皆由内官充任，负责管理内库，侍奉皇室亲贵，不得干涉外务。
皇城司的工作主要还是事务局，但是兼掌亲卫旅，负责宫城宿卫和銮仪卫及行宫、军器监、内库的日常戍卫。只是将太医院划归朝廷管理，但改由枢密院辎重司医药院派驻一个医疗组，归秘书监领导，负责为内廷提供医疗服务。
御前护军都统府得以保留，下辖五个旅和水军舰队和各一个陆战团、山地团。仍以倪亮为都都统，原水军都统郑永调任第二水军都统，由张浩升任都统。其余两个步兵旅转隶远征军，由刘文俊和罗大同分任正副都统。两骑兵旅编为骑兵第四、五师，由都哥和拔都任都统。
与此同时，赵昺又借机对禁军和御前护军官兵进行交流，调入一批实战经验丰富的基层军官和兵卒，又将护军一批有文化、懂谋略和有带兵经验的军官调入其它各部，借以提高各部间的作战和管理水平，也使得护军能够保持强盛的战斗力。
另外赵昺以为自己做的一件大事，就是皇家学院终于开学了。学院是以过去老营的基础组建的，按照他的设想，学校以现代学校为样板，分为小学、初中和高中三个阶段。课程设置也是由易到难，采用他亲自编撰的课本教学，小学开设《国语》、《算数》、《道德》、《万物》及体育。
至于初中和高中的课程如何，赵昺还没有想好，当前他课本还没有准备好，但是无外乎增加物理和化学方面的东西，这还有待于这一阶段教学效果经过检验后再定。不过他觉得自己教的这些东西在这个年代估计也是惊世骇俗了。
不过赵昺遇到的最大问题，还是生源问题，不是他不想招那些官绅和良家子弟，而是人家不愿意来。一是因为觉得皇家学院教授的内容不符合当下的实际，皆是些背经叛道的东西，担心误了自家子弟；二是对他们的师资有质疑，虽说是皇帝办的学校，却没有聘请当下的名儒大家任教，皆是些寂寂无名之辈，甚至还有从军中选出的军汉。再有就是学校的规矩太过苛刻，要在学校中住宿，且不分士庶混
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