巡抚后想大干一场立下功绩，于是坐镇广宁城后立刻进行了一番军事部署，想要层层设防阻挡后金。
等王化贞把此事上奏给朝廷后，得知消息的熊廷弼认为不妥，不过他并没有与王化贞沟通而是也给朝廷上书，认为应该着重防守广宁城，不应该分兵。
熊廷弼上了这道奏章后天启皇帝对此非常赞同，特意下诏嘉奖了熊廷弼，废止了王化贞的计划。
王化贞因为此事颜面尽失，故而恨透了熊廷弼认为熊廷弼故意给他难堪。
其实，在此之前两人之间就已经有了小摩擦，明廷从各地调来的军队抵达广宁后，王化贞改部队名号为“平辽”，这使得辽西和辽东的百姓很有意见。
于是熊廷弼以辽人没有叛乱为由，让王化贞改为‘平东’或‘征东’，以安抚辽人，这令王化贞心中感到颇为不满。
而奏章的事情使得王化贞与熊廷弼有了私人恩怨，经略、巡抚不合的苗头已然显现了出来。
说起来，王化贞与熊廷弼之间的矛盾之所以会激化，还与毛文龙有关。
天启二年熊廷弼上书朝廷，准备实施他三面围困后金的策略，希望朝廷能联络朝鲜征朝鲜八道兵力备战。
与主张围困后金的熊廷弼不同，王化贞倾向于进攻，镇江大捷后向朝廷上书，说后金放弃辽阳不加守备，而河东失陷地区的将士日夜盼明军前来，再加上西边的蒙古人也愿意助战。
因此，考虑到后金驻守海州的兵力不过两千人，要是派遣明军前去偷袭，必能一举攻克。
在辽东的南部地区防守的后金军得知辽阳失守一定回兵增援辽阳，明军可以凭借险要的地势来打伏击，将其一举歼灭。”
王化贞的上书得到了兵部尚书张鹤鸣的认可，于是奏请天启帝派熊廷弼进驻广宁城，蓟辽总督王象乾移驻山海关。
天启帝最终同意王化贞出击，王化贞随即率军度过了辽河，熊廷弼迫不得已出了山海关驻兵右屯，上奏说海州打下容易守住难，王化贞不应冒险行事。
最终，熊廷弼一语成谶，王化贞无功而回，两人之间的恩怨又进了一步。
王化贞为人有些刚愎自用，生性有些狂妄，好大喜功，虽然其不通军事但对文武将吏的在军事上的规劝一点也听不进去，尤其讨厌熊廷弼，因为之前的恩怨跟熊廷弼简直水火不容。
说起来，王化贞也有几分“可爱”，他甚至妄想投降后金的李永芳会做他的内应，并且相信蒙古人的话，以为林丹汗会派四十万
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