贼趁乱逃走，其中甚至包括老回回马守应这样的巨寇。
这些死性难改的流贼们侥幸逃得一命后，很少有良心发现后重新做人的。在得知大股官军离开后，躲藏于大山中的流贼残部纷纷聚拢起来占山为王，由流贼变成了山匪。这些贼人虽然不敢再如从前那般嚣张，但还是经常抢掠附近的村庄农户，给当地的百姓的正常生活造成了严重的影响。
在探知几伙数百人的大股山匪营地后，刘国能与王方以及贺三冠、王二娃等将领分成数队，带着人数不等的官军由竹山出击，或是夜袭或是埋伏，将这几股山匪全部剿杀，一个活口没留。
随着几股规模较大山匪的相继覆灭，郧阳、南洋、汝阳几府的匪患基本消除，刘国能又派出数只百人小队，对一些数十人的小股山匪发动了攻击，不到一年的时间，河南腹心之地的匪患终于被一扫而空。
在圆满的完成了剿匪的任务后，刘国能被拔擢为郧阳分守参将一职，王方擢为游击将军，贺三冠、王二娃几人也都升为了千总，参与剿匪的士卒们也都得到了升赏，伤亡士卒也得到了抚恤和安置，这使得全军上下无不喜笑颜开。
虽说分守参将一职已经是一个不错的职衔，但刘国能却并不满足。但现在大明境内的流贼基本已经肃清，想要再立功升赏已是很难了，除非去关外打建奴，到时候只要不死，官职肯定会提升。但听说建奴凶悍异常，别说自己这样的杂牌军，就算卢督臣的正规军也不见得能打得过他们，除非官军精锐都打光了，要不根本轮不到自己。
就在刘国能暗叹不已时，兵部的调兵文书突然自京师送达了竹山，在得知自己所部将会寻机登陆辽东，直捣建奴老巢时，刘国能怀着喜忧参半的心情，在补充好粮草之后，率部拔营一路向东而去。
六月中旬抵达登州并入驻已经修葺一新的营房后，刘国能与王方从兵部留在登州的官员那里了解到了整个复辽战役的方略。
登州原先也有过十分强大的水师，但自从流贼四起后，朝廷的银两物资都用在了剿贼的官军身上，登莱水师由于缺乏经费也就渐渐地衰败下去。最多时曾有过百余艘大小船只的船队现在只剩下了十余艘，并且还是老旧不堪，看样子好像一下水就能沉进水里一样；由于缺少粮饷，大部分水师将官士卒或是逃走或是偷偷开垦荒地做了农户，有一些眼界宽、消息灵的则是驾着破船南下，自荐到江南豪商的商船上做起了水手。
水师虽已废弃，但码头仍在。虽然已是破败不堪，但只要有银子，很快就会恢复到
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