李怀普就任漕运总督已有四年之久，在朱由检的授意下，漕运总督衙门进行了较大幅度的改革，漕运制度由原先的类似于自负盈亏、只靠着夹带度日传统坑人体制，转变成为除却完成漕粮等重要物资运送外，漕运也无面向市场全面放开收费的模式。
这一重大政策变革，让二十几万漕军及其人数众多的家眷个个欢欣鼓舞，短短一年之后，大部分穷困已极的漕军家庭，日子以肉眼可见的速度变好了起来，漕船的效率也得到巨大的提升，运河及其他河道的货物运输量也出现了井喷式的大发展。
漕运改革简单来说，就如同后世国有运输公司大部分资产变为个人所有一样，留下来的漕军按月计薪，大部分漕军连同船只转为个人运营。
在朱由检的授意下，这部分人只是象征性的缴纳了一点钱粮作为了购船费用。
朱由检认为，就算这是所谓的“国有资产”流失，但这种流失，得利的是广大下层民众，并非极少数人趁机从中获取巨大利益，所以他并未觉着哪里不对。
漕军们的悲惨境遇，朱由检早就派人调查的一清二楚，而漕运改革，正是基于让广大底层百姓过上好日子的想法。
李怀普在整个漕运改革过程中表现出来的强硬和睿智让朱由检十分欣赏，对他就任广西后的作为也充满了期待。
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