想要的人，身为“绿巨人”的班纳，洛基的计划是制作超级英雄的内斗，唐尼利用自己的人工智能“贾维斯”破解了宇宙魔方计划的秘密档案，史蒂芬在航空母舰的货舱搜索时竟然发现了神盾局收藏着当年的九头蛇使用的盔甲及能量炮，当尼克发现唐尼在破解程式时立刻过去询问，唐尼也在说明情况时意外发现宇宙魔方计划神秘的‘第二阶段’。
史蒂芬将九头蛇的能量炮拿来时为众人解答了第二阶段，神盾局利用宇宙魔方的能量制造大规模武器，也开始怀疑自己回归的世界还是处于战争时代，唐尼也在尼克反驳之下将所有的电脑资料全部公布，因此尼克才说出第二阶段的起因，一年前，地球新墨西哥州的一座小镇因为阿斯嘉的雷神跟洛基派来的杀手大战的私人恩怨导致几乎被夷为平地，因此世界安全会的所有议员为了应对来自宇宙中存在的其他具有“威胁性”的生命才出此下策，托尔却反驳认为地球被洛基和他的盟友盯上是因为神盾局对立方体的开发于是开始质疑尼克的领导能力，班纳也说出自己对神盾局的邀请目的有所怀疑和不想成为绿巨人的绝望感，而史蒂芬与唐尼因为意见不合而即将开打，但班纳却此时利用电脑发现宇宙魔方的所在地，但所在地竟然是美国纽约的史塔克大楼！
此时，巴顿与其他士兵利用洛基的权杖中和宇宙魔方同源的能量而追踪到航空母舰，也利用高超弓箭技术和特制功能将航空母舰的引擎炸毁，导致在研究室的衆英雄被炸的七零八落，史蒂芬与唐尼清醒后立刻身换盔甲去修引擎，尼克随后命令所有探员去将航空母舰保持平衡，当时，娜塔莎与班纳掉进了底层管道区，娜塔莎在掉下管道区的同时刚好被水管压住双脚而动弹不得，班纳因为受伤严重以及之前吵架积酿的情绪而变成了绿巨人，娜塔莎在言语阻止无效后将脚用力拔出迅速逃离，班纳因为失去理智而将眼前的所有人视为敌人而对航空母舰大肆破坏，尼克让身体较强的托尔前去阻止，但也在无法阻止下利用战斗机进行拦截，班纳在被战斗机轰打时跳出航空母舰而将战斗机拆毁，也在最后掉回陆地。
巴顿将整艘船利用弓箭瘫痪后遭到娜塔莎的追打，但也被娜塔莎重击头部后恢复清醒，托尔跑到洛基的笼子时为了阻止从笼子逃出的洛基而误入洛基的分身陷阱掉进笼子里，当洛基刚要放下笼子时却被赶到的科尔森逮到，科尔森原本想利用由当初被阿斯嘉传送过来的“毁灭者”改造而成的能量炮逮捕洛基，却再度中洛基的分身陷阱而被他用权杖从后刺入胸膛，洛基在完事后将托尔的笼子放进了高空，在离
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