方原安抚了所有官员、士绅、富商、百姓后，在应天府府衙留驻了下来。
五日间，秦展所率的锦衣卫效率非常的高，审查吕大器勾结钱谦益一案已有了实据，从吕大器的府里搜出了大量和钱谦益的通信。在三封通信上，确实有涉及南京城联系尼德兰人购买火炮、火器的消息。还有一封信的内容更为火爆，就在之前松平信纲率倭兵入侵时，钱谦益曾递交书信给吕大器，要求南京城配合倭兵入侵的行动，出兵攻打常州、镇江二府。
这几封私人书信一出来，本还以清流自居的吕大器通红毛子、通倭的罪行是证据确凿，根本无需再令吕大器画押，便可以定罪。
秦展令锦衣卫书写好罪状，直接呈到了方原的面前。因吕大器只有通倭的书信，并没有付诸实施，而且此人素无大恶，历史上也没有投降满清的劣迹。
方原也就酌情留了他一命，判了吕大器全族三百口人全流放至福建。既然吕大器和钱谦益交好，那就带着家人去福建和钱谦益团聚吧！
惩处了勾结钱谦益的吕大器，端正了南京衙门的官风后，方原又将信访制度引入了南京城，像南京城这种百万人口以上的江南第一重镇，直接派驻了三百锦衣卫进程进行监控。
经过半个月的全面接管工作，南京城无论军政事务，还是商业活动，百姓的民生都已彻底恢复了正常，大街上也再见不到半点战争后的痕迹。
方原在顺利的接管了南京城后，就将目光对准了南京城唯一的军事力量威胁-南京城南一百里采石矶驻扎的六、七万马、刘联军。这支联军数量不少，离南京城太近，只需要两日就能杀到南京城下，乃是心腹之患，不能不定点剿灭。
之前方原令赵全忠埋伏了五千骑兵在南京城到采石矶的要道上，以待马士英、刘良佐趁机攻打南京城。但他却高估了马、刘二人的勇气，赵全忠的五千玄甲铁骑等了三日三夜，也没见到一个北上的明军，只能无奈的退回了南京城复命。
对付这支不同归属的联军，方原决定采用分化为主，军事施压为辅的策略。马士英是个典型的死硬顽固派，不指望他会回心转意，公关的主要目标就放在无论是之前，还是历史上，都在摇摆不定的军阀刘良佐身上。
方原先是派出了赵全忠的五千玄甲铁骑，还有冯廷的五千步战营军士，行军至离采石矶二十里处扎营，驻军不前。
然后派人向驻扎在采石矶的刘良佐发去了劝降书，责令刘良佐的军队十日内接受改编，否则与马士英同罪。
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