此为河套地区建置之始。其后赵国衰落，河南地被匈奴占据。
秦始皇三十三年(公元前二百一十四年)，秦始皇嬴政遣将军蒙恬“发兵三十万人北击胡，略取河南地“，“以为三十四县，城河上为塞“，号为“新秦“，即汉代之朔方、五原二郡。秦末战乱，边地戍卒被调回中原，河南地又为匈奴所据。秦代后期所置郡名不可考，可能领有渠搜、临河、昫衍道、朐衍、高望、富平六县。
汉武帝时国力转盛，开始收复秦代边地。元朔二年(公元前一百二十七年)，匈奴侵入渔阳、上谷，杀千余人。武帝令车骑将军卫青“出云中以西，至高阙，遂略河南地，至于陇西“。主父偃进言朔方土地肥饶，宜屯田驻守，“内省转输戍漕，广华夏、灭胡之本也“。武帝从其言，遂“收河南地，置朔方、五原郡“。
西汉时，朔方郡辖境大致相当于，后世的内蒙古河套西北部及后套一带(鄂尔多斯西部及巴彦淖尔西南部)，即秦代九原郡的西半部，时称“新秦中“，郡治在朔方县。其东为五原郡，西、北与匈奴为邻。郡西有鸡鹿塞(后世的巴彦淖尔磴口县，沙金套海苏木太阳庙，山哈隆格乃山口)，北有高阙塞(后世的巴彦淖尔乌拉特后旗，呼和温都尔镇狼山大巴图沟口)，是阴山一带汉与匈奴来往的重要通道。昭君出塞的故事就发生于此。汉成帝竟宁元年(公元前33年)，王昭君出鸡鹿塞北入匈奴。
汉武帝曾多次徙民移居朔方、五原、上郡、北地诸郡，并穿凿河渠，屯田戍守，修筑长城、要塞。元朔二年，迁十万人于朔方。三年(公元前126年)秋，苏建修复秦代蒙恬所筑要塞，筑朔方城。五年，筑临戎城。元狩二年(公元前121年)，徙数十万贫民居朔方以南“新秦中“一带。三年，又筑沃野城、三封城。元鼎六年(公元前111年)，“上郡、朔方、西河、河西开田官，斥塞卒六十万人戍田之“。元封元年(公元前110年)武帝巡游北边，亲至朔方。四年，“遣拔胡将军郭昌屯朔方“。大规模的移民屯田导致河套地区的汉民人口迅速增加。汉平帝元始二年(公元2年)，朔方郡有34338户，136628人。
汉成帝元延、绥和之际(约公元前8年)，朔方郡领十县:朔方县、三封县、磴口县、修都县、临河县、呼遒县、窳浑县、渠搜县、沃野县、广牧县。
王莽改朔方为沟搜。东汉建武初年，朔方、五原、云中等郡为卢芳所据。建武七年(公元31年)，卢芳所置朔方太守田飒、云中太守乔扈降汉。十一年，省朔方刺史部入并
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