隶分为两个省设立三司管辖，与大明各省一样，受京城六部掌管。
两京制度被裁撤，南京地位从仅次于北京的政治中心地位变成了一省核心，秦王南京登基的谣言自然不攻自破了。
而江南特别是东南一带的局面快速稳定下来，因为快速控制了南京，原来南京朝廷的重臣核心大多被一锅端了，即便是首辅钱谦益也没有例外，朝廷大军水陆并进，一路前进一路控制，各城池都是望风而降，到了三月，只有湖广还有左镇乱兵作乱其余多是已经安定了下来。
在军事层面，胜负没有任何悬念，人人翘首以盼对江南士绅的清算。
当秦王以天子名义废了太子，软禁到北京的时候，很多人猜测秦王会改变以往铁血的政策，善待江南士绅以获得其支持，除了没有伤害朱慈烺这个证据，人们还敏锐的发现，局势尚未完全控制的时候。秦王已经在各地开恩科了，虽然和原本的八股取士已经完全不同了但是历朝历代开恩科都是拉拢读书人最为显著的办法。
但是，当江南大定，数十万军队控制重要城市和交通要道之后，人们才发现，原来的猜测只不过是幻想罢了。
人们这个时候发现，随着秦王南下的不仅有各军的虎狼之师，更有近千经验丰富的各级官吏，他们已经有过清算缙绅豪强的经验，与南京的官吏勋贵也无瓜葛，清算起来甚是得心应手，除了钱谦益等少数罪恶深重叛逆被处以极刑，更多士绅官员被处以抄家流放的处罚，这场大清算持续了半年，最终有近两百万人受到牵连，彻底拉开了大明强制移民新大陆的序幕。
在普通百姓看来，秦王的清算冷酷无情，似乎毫无畏惧，但是明眼人都是知道，秦王在尽可能的避免把这次清算与党争联系起来，为此让东林中一些德行高洁的人入朝为官，包括刘宗周在内诸多清流得以进入都察院供职，这种权力的妥协带来了许多意想不到的效果，清流加入朝廷，就像羊群里扔了一只狼，往日浑浑噩噩的局面被打破了。
如果说江南真的还有没有平定的地方，那就是郑家控制的福建了，而实际上，当秦王南下控制南京的时候，郑家就感觉大祸临头了。
当初郑森控制了郑家高层，避免郑家参与到荷兰与朝廷的海上争霸，虽然包括郑芝龙在内，郑家所有人再骂郑森，但是当东沙海战的结局传来的时候，郑家人才意识到自己的幸运。
后来，郑芝龙等人被释放，郑家也开始夹起尾巴做人，第一件事就是取消售卖行水旗，制止任何郑家的船队做海盗的行径，接着
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