万分感叹的说：要让刘伯温家乡世代把此事传为美谈。”
太祖巡幸汴梁时，刘基与左丞相李善长一起留守京城，以防身后兵变。
刘基受到重任，他认为宋、元两朝都因为过于宽纵而失天下，所以应该整肃纲纪，于是便下令御史检举弹劾，不要有任何顾忌，宿卫、宦官、侍从中，凡犯有过错的，一律奏明皇太子，依法惩治，因此人人都畏惧刘基的威严。
中书省都事李彬因贪图私利，纵容下属而被治罪，李善长一向私宠李彬，故请求从宽发落，刘基不听，并派人骑马速报太祖，得到批准，刘基便在祈雨时，将李彬斩首。
因为这件事，刘基与李善长开始不和。太祖返京后，李善长便向太祖告状，说刘基在坛土遗下杀人，是不敬之举。那些平时怨恨刘基的人也纷纷诬陷刘基。
朱元璋听到众人所奏，并没有立刻表态，因为当时正逢天旱，百姓困苦，太祖要求诸臣发表意见，刘基上奏说：
“士卒亡故者，他们的妻子全部迁往他营居住，共有数万人，致使阴气郁结。工匠死后，腐尸骨骸暴露在外，将投降的吴军将吏都编入军户，便足以协调阴阳之气。”
太祖采纳了他的意见，但十天过后仍不见雨，朱元璋找到了借口，故而发怒。
刘基看自己失去皇帝的信任，又正好赶上自己的妻子死了，所以刘基请求告辞还乡。朱元璋一看，既然大家都反对你，现在你又正好想伏尔加乡便应许。
明初刚建，太祖正在营造中都，又积极准备消灭扩廓。
刘基临走上奏说：”凤阳虽是皇上的故乡，但不宜作为建都之地。王保保不可轻视。”不久，定西之役失利，扩廓逃往沙漠，从那时起一直成为边患。
这年冬天，太祖亲自下诏，叙说刘基征伐之功，召他赴京，赏赐甚厚，追赠刘基的祖父、父亲为永嘉郡公，并多次要给刘基进爵，刘基都固辞不受。
刘基执法严厉，可从来不徇私情，有一次，太祖因事刘基画像要责罚丞相李善长，刘基劝说道：“他虽有过失，但功劳很大，威望颇高，能调和诸将。不能责罚他呀！这样就会让他的威望有所削减！”
太祖听到这话，含笑的对刘基说道：“他三番两次想要加害于你，你还设身处地为他着想?可见你的肚量之大，现在我想改任你为丞相。”
刘基一听，马上叩首说道：“这怎么行呢?更换丞相如同更换梁柱，必须用粗壮结实的大木，如用细木，房屋就会立即倒坍。”
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