。清军攻占北京和南明政权建立，对他来说，似乎是一次政治机会——因为一些反对过他的东林党成员投降过大清，现在又有更多的人投考我的政权，这使东林党的声誉受到损害。同时，他的好友马士英又成为南明政权中的重要人物。于是，阮大铖奏上一道很长的“孤忠被陷之由疏”，表示愿为弘光帝效忠。疏中声称，他曾私下劝阻其他人追随魏忠贤，后来仅在1624年的很短一段时间内，与逆党魏忠贤共事，此后他虽然得到一个官职，但只干了70天就隐居回乡了。
在这孤傲、寂寞的放逐生活中，阮大铖又遭到东林党恶毒诽谤，然而（在某种意义上，这是阮大铖打动朱慈烺的最重要的一点）正是这些曾攻击他与一位皇帝宠臣勾结的人，竟为实际上杀死了皇帝的异族效力（在阮大铖眼里辽东及朝鲜政权也算作是异族，而我则成了不折不扣的民族败类）。换句话说，许多过去的东林党人成了为我服务的“伪官”。阮大铖质问道：究竟谁是真正的忠臣？是站在弘光帝立场上的他，还是那些“贰臣”？
这道奏疏最初在反对阮大铖的官员中没有产生什么影响，因为这些官员一直在南京任职，从未考虑过要对北京的同僚加以区别。但在1634年7月9日马士英提名阮大铖任兵部右侍郎时，吕大器上疏怒斥：
先帝血肉未寒，爰书凛若日星，而士英悍然不顾，请用大铖。不惟视吏部如刍狗，抑且视陛下为弁髦。
从7月12日到7月20日，其他官员的奏章也雪片般地飞来，群起攻击阮大铖并抨击这项提名。远在扬州的史可法也对此事有所了解，他认为，阮大铖入朝，会使十多年前的的党争重演，所以也对阮大铖入朝强烈反对。
但马士英及其同党并未退缩，刘佐良从其驻地上疏弹劾吕大器“图谋不轨”，以此迫其辞职，朝中，姜曰广和高弘图则不再参加内阁议政，并随即一起辞职。由于这些人离开了朝廷，某些重要官员又被收买，马士英终于在9月30日成功地得到了皇上的诏令，直接任命阮大铖为兵部添注侍郎。
此次党争以马士英的等人的胜利和阮大铖入兵部而暂时宣告结束，但是一切远远没有就这样停歇，党争已经白热化并且愈演愈烈。
当我从朝鲜回到北京的时候，得到了关于南京政权这次纷争的全部信息，心中不由得感叹，都什么时候了，南明朝廷还这样党同伐异，当真是老天都要亡明啊！毕竟紧靠史可法这样的几个忠臣是无法力挽狂澜的，更为悲哀的是为了尽早平定天下，我不得不使出阴谋伎俩帮着马士英算
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