自从千手柱间与宇智波斑建立忍村木叶，各国纷纷效仿，充满毁灭的战国时代终于结束，迎来了短暂的和平。
但是木叶的两根擎天支柱之一的宇智波斑离开了，不久之后带着九大尾兽中最强的九尾，回到了木叶。
千手柱间和宇智波斑决战终结之谷，最终宇智波斑以封印一颗永恒眼的代价，发动了伊邪那岐，瞒天过海。
千手柱间捕获了九尾，他的妻子漩涡水户因为漩涡一族独特的体质和封印术，将九尾封印在自己的体内，成为了第一代九尾人柱力。
此时五大国已经蠢蠢欲动，千手柱间开始抓捕尾兽，同时召开第一届五影大会，将各大尾兽分给其他四个国家，其中风之国的砂忍村因为已经有了一尾，所以要了火之国的土地和各国买尾兽所花钱财的三成。
千手柱间死后，他的弟弟千手扉间继承火影之位，虽然战斗力无法和兄长相比，但是管理忍村的才能不输于兄长。
相比有些天真的兄长，千手扉间深知忍界的纷争绝不会停止，为了长久延续忍村，他创建了第一所忍者学校，注重培养下一代忍者。
等老一辈的忍者逝去，还有人可以继承火之意志。
千手扉间收了六个弟子，分别是未来的第三代火影‘猿飞日斩’，未来根部的首领‘志村团藏’，以及未来第三代火影的顾问‘水户门炎’和‘转寝小春’，猪鹿蝶三族中秋道一族的‘秋道取风’，其中还有一直被二代火影所忌惮的宇智波一族的‘宇智波镜’，他的后代就是凭借瞬身术出名，同时拥有万花筒写轮眼究极幻术别天神的宇智波止水。
不久之后，火之国木叶忍村和雷之国云隐忍村的结盟，大会上云隐村手持六道仙人神器的金角和银角，率领精锐的金角部队反叛。
千手扉间为了保护弟子的性命，留下来断后，同时知道前途凶险，走之前任命自己六位弟子之一的猿飞日斩为第三代火影。
千手扉间战死后，猿飞日斩接掌火影之位。
志村团藏隐藏起来，成为了暗中守护木叶的根，同时向往着有朝一日可以继承火影之位。
时光流逝，三代火影猿飞日斩不再年轻，同样收了三个弟子，他们的名号更加响亮，其中有千手柱间的亲孙女千手纲手，出身平民的自来也，父母双亡的大蛇丸。
三个人以后的成就并不比先人少，甚至贯穿了整个火影世界。
忍者大陆度过了一段平静的时日，五大忍村暗波汹涌，明面的大战没有开始，背地里
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