以建立，无法有效征调民夫随军行动，导致军队运输粮秣、物资等方面发生诸多困难。使得缴获的物资只能就地销毁，或是任由百姓搬走，难以转运回琼。
所以赵昺在此次军改中专门成立主管后勤的辎重军司，以其建立起平时和战事完善的后勤保障系统，使军队在任何条件下都能获得基本的生活、训练和作战物资的补给。他甚至想着采用商业化运作，将一些工作转包给一些有实力和能力的商家。
除了这些还有一个不能忽视，也无法忽视的问题。宋军的一般士兵多为农家子弟，他们温顺、有纪律、能吃苦耐劳、服从指挥，可塑性很强，只要经过严格的训练和适当的激励机制很快就能成为一个合格的士兵，问题最大的反倒是军官。
宋军的从前的军官补充和选拔系统业已随着败亡而消失殆尽，就拿自己一手组建的帅府军来说，基层军官都是以信任为基础，而非才能予以任命的，他们很多人前几天还是拿着锄头种地的村民，或是乡绅、地主，可当他们拿起刀枪之后变成了领兵上阵的军将。
很多人都是在胫骨连番的整训和短期的培训班才掌握了基本的军事技能和组织作战的能力，诚然其中有些人具有一定的军事基础，或领兵的天赋，更多的只能在不断的实战和管理部队中积累经验，但这仍难以改变军队整体的颓势。由己度人，其它各军的情况即便好一些，赵昺觉得相差不会有太大的悬殊。
同样中、高级军官的素质也很堪忧，营以上指挥机关的业务极不健全。图上作业与沙盘教育可以说完全没有，指挥所与参谋业务的演习，更是完全忽略，既没有具体的作业计划，也没有完备的作战命令。所以军队一到作战就莫名其妙的出问题，形成了官不若兵的怪象。
在各军主官的幕僚中很多人都没有军事背景，而多是主官的私人。往往很重要的职务，交给一些落伍的军官或不习军事的文人来担任。而军事领导部门又没有专门业务的训练，那些参军和参议不知道如何管理人事，计算辎重补给的消耗。至于些辅助部门中的官员更多是滥竽充数，甚至于管理物品检查物品的常识都没有。
此外，宋军的指挥和协调系统紊乱，几无章法。按照军事指挥系统的程序，身为皇帝的赵昺只要将命令下达给枢密院即可，但他却不得不越级指挥，一些大的战斗，他不但要提前亲自谋划，发起战斗时还得亲自指挥，不仅越级指挥到各军，甚至直接指令到营一级，特殊情况下自己还得亲自披挂上阵。
正是由于赵昺事无巨细亲自过问，各部队
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